纪委在掌握一定证据但调查对象不承认的情况下，可以暂存待查，但需遵循严格的程序和规定。以下是对此问题的详细分析：
一、暂存待查的法律依据与程序
在纪委的调查过程中，如果已经收集到了一定的证据，但调查对象不承认相关事实，纪委可以根据案件的具体情况和证据的充分性，决定是否将案件暂存待查。这一做法并非随意为之，而是需要遵循一定的法律依据和程序。
法律依据：
- 纪委在调查过程中，需依据《中国共产党纪律检查机关案件检查工作条例》等相关规定进行。这些规定明确了纪委在调查案件时的权限和程序，包括证据的收集、审查、运用以及案件的处理方式等。
程序要求：
- 纪委在决定暂存待查前，应对已收集的证据进行全面、客观的审查，确保证据的真实性、合法性和关联性。
- 暂存待查并非无限期地搁置案件，而是需要在一定期限内对案件进行复查或根据新情况重新启动调查程序。
- 纪委应建立完善的案件管理制度，对暂存待查的案件进行登记、分类和跟踪管理，确保案件得到及时、有效的处理。
二、暂存待查的适用情形与考量因素
纪委在决定是否暂存待查时，会综合考虑多种因素，包括但不限于以下几点：
证据的充分性：
- 如果已收集的证据不足以证明调查对象的违纪行为，或者证据之间存在矛盾或疑点，纪委可能会考虑暂存待查，以便进一步收集证据或澄清事实。
调查对象的配合程度：
- 如果调查对象不承认相关事实，且拒绝配合调查工作，纪委可能会认为继续调查存在困难，从而选择暂存待查。但这一选择并非绝对，因为纪委仍可以通过其他方式继续推进调查。
案件的复杂性和敏感性：
- 对于一些复杂或敏感的案件，纪委可能会选择暂存待查，以便在更合适的时间或条件下重新启动调查程序。这有助于避免因急于求成而导致的调查失误或舆论风险。
三、暂存待查后的处理与监督
后续处理：
- 纪委在暂存待查期间，应继续关注案件的相关情况，包括新证据的出现、调查对象的态度变化等。一旦条件成熟，纪委应及时重新启动调查程序或作出其他处理决定。
监督与问责：
- 纪委应建立内部监督机制，对暂存待查的案件进行定期检查和评估。对于因工作失误或故意拖延而导致的案件积压或处理不当，应依法依规进行问责。
四、法律建议与风险提示
法律建议：
- 对于纪委而言，在决定暂存待查前，应充分评估案件的证据情况和调查对象的配合程度，确保决策的科学性和合理性。
- 纪委应加强与相关部门的沟通协调，共同推进案件的调查和处理工作。
风险提示：
- 暂存待查并非万全之策，如果处理不当，可能会导致案件积压、证据灭失或舆论风险等不良后果。
- 纪委在暂存待查期间，应密切关注案件动态，确保案件得到及时、有效的处理。
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