医药企业利用法定代表人账户收款是否违法，需分情况讨论，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、合法情形
特定交易安排且合规：
- 在某些特定交易中，如果医药企业与交易对方有明确的约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，同时能够确保资金的安全、透明和可追溯，那么利用法定代表人账户收款可能并不违法。例如，一些小额、即时的交易，或者为了简化流程而进行的临时安排，在双方同意且符合财务规范的前提下，可能是合法的。但这种情况较为特殊，且需要严格的合规管理。
法定代表人代为收取并即时转交：
- 如果法定代表人仅仅是代为收取款项，并立即将款项转交给企业，且能够提供完整的转账记录和说明，那么这种行为通常不会被视为违法。但这种情况下，法定代表人需要确保资金的流转过程清晰、透明，以避免任何可能的误解或纠纷。
二、违法情形
逃避税收监管：
- 如果医药企业利用法定代表人账户收款是为了逃避税收监管，如隐瞒收入、虚报成本等，那么这种行为显然是违法的。根据《中华人民共和国税收征收管理法》等相关法律法规，企业应当如实申报纳税，任何逃避税收监管的行为都将受到法律的制裁。
挪用资金或侵占公司财产：
- 如果法定代表人利用收款之便，将企业资金挪作他用或侵占公司财产，那么这种行为不仅违法，还可能构成犯罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，挪用资金罪和职务侵占罪都是严重的刑事犯罪，将受到严厉的惩罚。
违反财务制度和公司章程：
- 即使法定代表人收款的行为本身不直接涉及违法，但如果违反了企业的财务制度或公司章程，也可能构成违规。企业应当建立完善的财务制度，明确资金收付的流程和权限，以确保资金的安全和合规使用。如果法定代表人违反这些规定，虽然可能不直接承担法律责任，但可能会受到企业内部的纪律处分。
三、法律建议
完善内部管理制度：
- 医药企业应当建立完善的内部管理制度，明确资金收付的流程和权限，确保所有资金流动都符合法律法规和企业章程的规定。同时，应当加强对法定代表人的监督和管理，防止其利用职务之便进行违法或违规行为。
加强合规培训：
- 企业应当定期对员工进行合规培训，提高员工的法律意识和合规意识。特别是对于法定代表人等关键岗位的人员，应当加强培训力度，确保其了解并遵守相关法律法规和企业制度。
及时咨询专业律师：
- 如果企业在资金收付方面存在任何疑问或困惑，应当及时咨询专业律师。律师可以根据企业的具体情况和法律法规的要求，为企业提供专业的法律意见和建议，帮助企业规避法律风险。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律服务。