结论前置：公司营业执照上的法定代表人与实际经营者不一致时，辞退补偿协议书是否需要经营者签名，取决于实际经营者与公司的法律关系以及公司内部的授权情况。以下从不同角度进行分析：

1. 若实际经营者是公司法定代表人或经法定代表人授权：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，公司法定代表人有权代表公司签署各类法律文件，包括辞退补偿协议书。若实际经营者本身就是法定代表人，或者虽非法定代表人但已获得法定代表人的明确授权，则其签署的辞退补偿协议书具有法律效力。
   • 建议：在此情况下，辞退补偿协议书可以由实际经营者签名，但建议同时加盖公司公章，以增强协议的法律效力和证明力。

2. 若实际经营者非公司法定代表人且未获授权：

   • 法律背景：若实际经营者并非公司法定代表人，且未获得法定代表人的明确授权，则其无权代表公司签署辞退补偿协议书。此时，若仅由实际经营者签名，该协议可能因缺乏公司授权而无效。
   • 建议：为确保协议的法律效力，应由公司法定代表人签署辞退补偿协议书，并加盖公司公章。若实际经营者需参与签署，应事先获得法定代表人的书面授权，并在协议中明确授权范围和期限。

3. 特殊情况：实际经营者与公司存在隐名投资或代理关系：

   • 法律背景：在某些情况下，实际经营者可能与公司存在隐名投资或代理关系，即实际经营者虽非公司名义上的股东或法定代表人，但实际控制公司或代表公司进行经营活动。在此情况下，实际经营者的签署行为可能因公司内部约定或法律关系而具有法律效力。
   • 建议：若存在此类特殊情况，应首先明确实际经营者与公司之间的法律关系，并依据相关法律法规和公司内部约定确定签署主体。为避免法律风险，建议在此类情况下咨询专业律师，以确保协议的法律效力和合规性。

法律后果提示：若辞退补偿协议书因签署主体不适格而无效，可能导致公司无法依据协议内容向员工支付补偿，进而引发劳动争议和法律纠纷。因此，在签署辞退补偿协议书时，务必确保签署主体具有合法授权和代表权。

进一步思考依据：在实际操作中，公司营业执照上的法定代表人与实际经营者不一致的情况可能涉及复杂的法律关系和内部约定。因此，在处理此类问题时，应综合考虑公司章程、股东协议、授权委托书等文件，以及实际经营者的实际控制力和影响力等因素。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。