双方达成的赔偿协议不包含的残疾赔偿金，在符合法定条件的情况下，可以另行起诉。以下从不同角度进行分析：
一、合同自由与法定权利的关系
- 合同自由原则：双方达成的赔偿协议，本质上是合同的一种，应当遵循合同自由原则。这意味着，双方有权在协议中约定赔偿的范围、方式等。如果协议中明确排除了残疾赔偿金的赔偿，那么从合同约定的角度来看，似乎不应再主张该部分赔偿。
- 法定权利不可剥夺：然而，残疾赔偿金是法律规定的因侵权行为导致受害人残疾时，侵权人应承担的赔偿责任之一。这种法定权利不能通过双方的约定而完全剥夺。如果赔偿协议未包含残疾赔偿金，但受害人确实因侵权行为导致了残疾，且该残疾与侵权行为之间存在因果关系，那么受害人仍有权依据法律规定主张残疾赔偿金。
二、另行起诉的法律依据
- 《民法典》的相关规定：根据《民法典》中关于侵权责任的规定，侵害他人造成人身损害的，应当赔偿医疗费、护理费、交通费、营养费、住院伙食补助费等为治疗和康复支出的合理费用，以及因误工减少的收入。造成残疾的，还应当赔偿辅助器具费和残疾赔偿金。这一规定为受害人主张残疾赔偿金提供了明确的法律依据。
- 赔偿协议的效力范围：赔偿协议虽然具有合同效力，但其效力范围通常仅限于协议中明确约定的内容。如果协议未涉及残疾赔偿金，那么该协议并不构成对受害人主张残疾赔偿金的法律障碍。受害人可以依据法律规定，就未包含在协议中的残疾赔偿金部分另行起诉。
三、实际操作中的注意事项
- 证据收集：在另行起诉主张残疾赔偿金时，受害人需要收集充分的证据来证明其因侵权行为导致了残疾，以及该残疾与侵权行为之间存在因果关系。这些证据可能包括医疗记录、鉴定报告、证人证言等。
- 诉讼时效：受害人需要注意诉讼时效的问题。根据法律规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。因此，受害人应在诉讼时效期间内提起诉讼，以免丧失胜诉权。
- 赔偿协议的变更或撤销：如果受害人认为赔偿协议存在重大误解、显失公平等情形，导致其权益受到损害，还可以考虑在法定条件下请求变更或撤销赔偿协议，并重新主张包括残疾赔偿金在内的全面赔偿。但这一途径需要满足严格的法律条件，并需通过法律程序进行确认。
建议：如果您或他人遇到了类似情况，建议及时咨询专业律师（即向我咨询），以便根据具体情况制定合适的法律策略。