被告当然有权保存民事纠纷被强制执行后经协商达成并签订的协议合同。以下从几个角度为你详细分析：

合同保存的法律依据

从法律层面讲，合同是双方意思表示一致的产物，一旦签订，即对双方产生法律约束力。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。因此，无论是原告还是被告，作为合同的一方，都有权保存合同文本，这是其合法权益的一部分。

合同保存的实际意义

1. 证据作用：在合同纠纷中，合同文本是最直接、最有力的证据。保存好合同，可以在发生争议时，作为证明自己权利义务、履行情况等事实的依据。
2. 履行监督：合同中通常会约定双方的权利义务、履行期限、违约责任等内容。保存合同，有助于被告监督自己及对方的履行情况，确保合同得到正确履行。
3. 法律保护：在合同履行过程中，如果发生违约或其他争议，被告可以依据合同内容，寻求法律保护，维护自己的合法权益。

合同保存的注意事项

1. 保存完整：被告应确保保存的合同文本完整无缺，包括所有附件、补充协议等，以便在需要时能够全面展示合同内容。
2. 妥善保管：合同文本应妥善保管，避免丢失、损毁或泄露给无关人员。可以将其存放在安全的地方，如保险柜、加密电子文档等。
3. 及时更新：如果合同在履行过程中发生变更或补充，被告应及时更新保存的合同文本，确保其与实际情况一致。

特殊情况下的合同保存

在某些特殊情况下，如合同涉及商业秘密或个人隐私等敏感信息，被告在保存合同时应特别注意保密义务。可以采取加密存储、限制访问权限等措施，确保合同内容不被泄露给未经授权的人员。

总结来说，被告有权保存民事纠纷被强制执行后经协商达成并签订的协议合同，这不仅有助于维护自己的合法权益，也是履行合同义务、监督对方履行情况的重要手段。如果你在合同保存或合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。