在强制执行过程中，与被告另行签订的协议是否可以作废，需根据协议内容、签订背景及法律效果综合判断，以下分情况说明：
1. 协议内容违反法律强制性规定或公序良俗
若协议内容涉及逃避债务、转移财产、损害第三方利益等违法行为，或违反公序良俗（如以合法形式掩盖非法目的），则该协议自始无效。根据《民法典》第153条，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，但是该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。违背公序良俗的民事法律行为无效。
示例：若双方在强制执行期间签订协议，约定将被告名下唯一房产无偿转让给第三方以规避执行，该协议因损害债权人利益而无效。
2. 协议存在欺诈、胁迫或显失公平
若协议签订时存在欺诈、胁迫或乘人之危导致显失公平的情形，受损害方有权请求法院或仲裁机构撤销协议。根据《民法典》第148-151条，受欺诈方、受胁迫方或显失公平的受损害方可在知道或应当知道撤销事由之日起一年内行使撤销权。
示例：若被告以威胁手段迫使原告签订减免债务的协议，原告可在法定期限内主张撤销，使协议恢复无效状态。
3. 协议与执行和解协议冲突
若双方在强制执行程序中达成执行和解协议（如分期履行、以物抵债等），且该协议已提交法院备案，则后续另行签订的协议若与执行和解协议内容矛盾，可能因违反诚实信用原则或执行程序规则而被否定效力。根据《最高人民法院关于执行和解若干问题的规定》第6条，当事人达成以物抵债执行和解协议的，法院不得依据该协议作出以物抵债裁定。
示例：若执行和解协议约定被告分期还款，但双方私下又签订协议免除部分债务，债权人可主张后续协议无效，要求按原执行和解协议履行。
4. 协议未实际履行且无履行可能
若协议签订后，被告未履行主要义务（如未支付款项、未交付标的物），且客观上已无履行可能（如财产被查封、破产等），原告可主张解除协议并恢复原执行程序。根据《民法典》第563条，在履行期限届满前，当事人一方明确表示或以自己的行为表明不履行主要债务的，对方可以解除合同。
示例：若协议约定被告用其名下车辆抵债，但车辆已被其他法院查封无法过户，原告可主张解除协议并申请恢复对原债权的执行。
5. 协议经法院确认无效或撤销后的后果
若协议被法院确认无效或撤销，根据《民法典》第157条，因该协议取得的财产应当予以返还；不能返还或没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
示例：若协议被撤销后，被告需返还原告已支付的款项，并赔偿原告因协议签订产生的合理损失（如律师费、差旅费等）。
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