船员公司让船员签的返还退税承诺书是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：

一、承诺书内容合法性

1. 内容不违反法律法规：如果返还退税承诺书的内容不违反国家法律法规的强制性规定，比如不涉及偷税、漏税、骗税等违法行为，且是双方真实意思的表示，那么该承诺书在内容上是合法的。
2. 内容存在违法情形：如果承诺书的内容涉及要求船员返还非法所得的退税，或者以非法手段获取退税后承诺返还，那么这样的承诺书是违法的，因为其基础行为（非法获取退税）就是违法的。

二、承诺书签订过程合法性

1. 自愿签订：如果船员是在自愿、平等、公平的基础上签订的返还退税承诺书，且没有受到任何胁迫、欺诈或误导，那么该承诺书的签订过程是合法的。
2. 非自愿签订：如果船员是在受到胁迫、欺诈或误导的情况下签订的承诺书，那么该承诺书的签订过程是不合法的。根据《民法典》的相关规定，因胁迫、欺诈等手段订立的合同，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。

三、承诺书法律效力及后果

1. 合法承诺书的效力：如果承诺书内容合法且签订过程合法，那么该承诺书具有法律效力，对双方都有约束力。如果船员违反承诺书的规定，船员公司有权要求其承担相应的法律责任。
2. 违法承诺书的后果：如果承诺书内容或签订过程存在违法情形，那么该承诺书自始无效。船员公司不能依据该承诺书要求船员返还退税，且如果船员公司因此遭受损失，也不能通过法律途径要求船员赔偿。此外，如果船员公司的行为构成犯罪，还可能面临刑事处罚。

四、实际操作建议

1. 审查承诺书内容：在签订返还退税承诺书之前，船员应仔细审查承诺书的内容，确保其不违反国家法律法规的强制性规定，且是双方真实意思的表示。
2. 了解签订过程：船员应了解承诺书的签订过程，确保自己是在自愿、平等、公平的基础上签订的，没有受到任何胁迫、欺诈或误导。
3. 咨询专业律师：如果船员对承诺书的合法性或签订过程存在疑问，可以咨询专业律师，以获取更准确的法律意见。

总结来说，船员公司让船员签的返还退税承诺书是否合法，需根据承诺书的内容和签订过程来判断。如果内容合法且签订过程合法，那么该承诺书具有法律效力；如果内容或签订过程存在违法情形，那么该承诺书自始无效。船员在签订前应仔细审查并了解相关情况，如有疑问可向我咨询。