拆迁协议中已注明房产归属的，在符合法定条件的情况下是有效的。以下从不同角度进行详细分析：
一、拆迁协议的法律效力基础
拆迁协议，作为拆迁人与被拆迁人之间就房屋拆迁补偿安置事宜达成的协议，其法律效力主要来源于《中华人民共和国民法典》中关于合同效力的相关规定。根据《民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。拆迁协议作为合同的一种，只要其内容合法、形式合规，且双方当事人在签订时具有相应的民事行为能力，意思表示真实，不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就应当认定为有效。
二、房产归属条款的有效性
在拆迁协议中，房产归属条款是核心条款之一，它直接关系到拆迁后房产的权属问题。只要该条款符合以下条件，就应当认定为有效：
内容合法：房产归属条款的内容必须符合法律法规的规定，不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得损害国家、集体或第三人的利益。例如，不能通过拆迁协议将国有土地上的房屋非法转让给个人所有，或者将集体土地上的房屋非法转让给非集体经济组织成员所有。
形式合规：拆迁协议应当采用书面形式，并由双方当事人签字或盖章确认。房产归属条款作为拆迁协议的一部分，也应当遵循这一形式要求。如果拆迁协议未采用书面形式，或者虽然采用书面形式但未经双方当事人签字或盖章确认，那么该协议及其中的房产归属条款可能因形式不合规而无效。
意思表示真实：双方当事人在签订拆迁协议时，必须意思表示真实，即双方对房产归属条款的内容没有误解或欺诈等情形。如果一方当事人在签订拆迁协议时存在欺诈、胁迫等情形，导致另一方当事人在违背真实意思的情况下签订了协议，那么该协议及其中的房产归属条款可能因意思表示不真实而无效。
三、特殊情况下的效力认定
虽然拆迁协议中已注明房产归属的条款在一般情况下是有效的，但在某些特殊情况下，其效力可能会受到质疑或否定。例如：
拆迁协议存在无效情形：如果拆迁协议本身存在无效情形（如违反法律、行政法规的强制性规定、损害国家、集体或第三人利益等），那么其中的房产归属条款也自然无效。
房产归属条款存在可撤销或变更情形：如果房产归属条款存在可撤销或变更的情形（如因重大误解、显失公平等），那么一方当事人可以在法定期限内请求人民法院或仲裁机构撤销或变更该条款。
后续法律行为影响：如果拆迁协议签订后，双方当事人又通过其他法律行为（如赠与、买卖等）对房产归属进行了变更，那么应当以最后的法律行为为准来确定房产的归属。
四、法律建议
签订拆迁协议前仔细审查：在签订拆迁协议前，被拆迁人应当仔细审查协议内容，特别是房产归属条款，确保其内容合法、形式合规且意思表示真实。
保留相关证据：在签订拆迁协议过程中，被拆迁人应当保留好与拆迁相关的所有证据材料（如拆迁公告、评估报告、协议文本等），以便在发生纠纷时能够证明自己的权益。
及时咨询专业律师：如果被拆迁人对拆迁协议中的房产归属条款存在疑问或担忧，应当及时咨询专业律师，以便获得专业的法律意见和帮助。
拆迁协议中已注明房产归属的条款在符合法定条件的情况下是有效的。但被拆迁人在签订拆迁协议时应当谨慎对待，确保自己的权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。