核心结论：公司员工受贿贪污两年内上交，过5年后被追究，处理方式需结合具体情节、证据情况及法律规定综合判断，可能面临刑事处罚、行政处罚或不予追究刑事责任等不同结果。以下分情况详细说明：
若构成犯罪且未过追诉时效，可能面临刑事处罚
根据《刑法》第八十七条，法定最高刑为不满五年有期徒刑的，追诉时效为五年；法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，追诉时效为十年。受贿罪、贪污罪的刑罚根据数额和情节确定，若员工受贿、贪污数额较大（如三万元以上），法定最高刑可能达三年以上十年以下有期徒刑，追诉时效为十年。因此，若案件在追诉时效内（未超十年），且证据充分，员工可能被追究刑事责任，面临有期徒刑、拘役、罚金或没收财产等处罚。
关键点：需核实受贿/贪污数额、情节及追诉时效起算时间（通常从犯罪之日起计算，若连续犯罪从终了之日起计算）。
若情节轻微或证据不足，可能不予追究刑事责任
若员工受贿、贪污数额较小（如未达三万元），或存在自首、立功、退赃等情节，可能根据《刑法》第三十七条免予刑事处罚，或根据《刑事诉讼法》第十六条因“情节显著轻微、危害不大”不认为是犯罪而不予追究。此外，若案件证据因时间久远（如证人记忆模糊、物证灭失）无法形成完整证据链，也可能导致无法定罪。
关键点：需评估数额、情节及证据保存情况，退赃行为可能作为量刑情节减轻处罚，但不影响追诉时效计算。
可能面临行政处罚或内部纪律处分
即使未构成犯罪或超过追诉时效，员工仍可能因违反公司规章制度（如《员工手册》中关于廉洁的规定）或《监察法》相关规定，被公司给予警告、记过、降职、辞退等内部处分，或由监察机关给予政务处分（如警告、记过、降级、撤职、开除）。
关键点：行政处罚与刑事处罚独立存在，不因超过追诉时效而免除行政责任。
建议：若员工或公司面临此类情况，需立即收集并固定证据（如退赃记录、公司处理文件、证人联系方式等），并委托律师分析案件是否超过追诉时效、证据是否充分，以制定辩护策略或合规整改方案。如有具体案件细节，可直接向我咨询，我将结合证据和法律提供专业意见。