若公司在承担政府项目时在网上泄露了机密文件，可能会面临以下处理方式和法律后果：

1. 行政责任：

   • 依据与后果：根据《中华人民共和国保守国家秘密法》的相关规定，机关、单位违反本法规定，发生重大泄密案件的，由有关机关、单位依法对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予处分；不适用处分的人员，由有关单位督促其所在机关、单位予以处理。对于泄露国家秘密的行为，国家保密行政管理部门或者省、自治区、直辖市人民政府保密行政管理部门可以依据保密法律法规的规定，对泄露国家秘密的单位给予警告、罚款等行政处罚。
   • 具体情形：若公司泄露的机密文件涉及国家秘密，且情节严重，公司可能会受到上述行政处罚，同时直接负责的主管人员和其他直接责任人员也可能面临相应的行政处分。

2. 刑事责任：

   • 依据与后果：如果泄露的机密文件不仅涉及国家秘密，而且情节严重，构成犯罪的，将依法追究刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，泄露国家秘密罪是指国家机关工作人员或者非国家机关工作人员违反保守国家秘密法的规定，故意或者过失泄露国家秘密，情节严重的行为。对于犯此罪的个人，可能会被处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。
   • 具体情形：若公司员工或相关责任人在承担政府项目过程中，故意或过失泄露了涉及国家秘密的机密文件，且情节严重，那么该员工或相关责任人可能会面临上述刑事处罚。同时，如果公司作为单位犯罪的主体，也可能受到相应的刑事处罚，但通常单位犯罪会追究直接负责的主管人员和其他直接责任人员的刑事责任。

3. 民事责任：

   • 依据与后果：除了行政责任和刑事责任外，公司还可能因泄露机密文件而承担民事责任。如果泄露的机密文件涉及商业秘密或个人隐私等民事权益，给权利人造成损失的，公司可能需要承担赔偿责任。
   • 具体情形：例如，如果泄露的机密文件包含了合作方的商业秘密，导致合作方遭受经济损失，那么合作方有权要求公司承担赔偿责任。此外，如果泄露的机密文件涉及个人隐私，给个人造成名誉损害或其他损失的，个人也有权要求公司承担相应的民事责任。

4. 应对措施与建议：

   • 立即采取补救措施：一旦发现机密文件泄露，公司应立即采取补救措施，如删除网上泄露的文件、通知相关网站删除链接等，以防止泄露范围进一步扩大。
   • 报告相关部门：公司应及时向保密行政管理部门、公安机关等相关部门报告泄露情况，配合相关部门进行调查和处理。
   • 加强内部管理：公司应加强内部保密管理，完善保密制度，加强对员工的保密教育，提高员工的保密意识，防止类似事件再次发生。
   • 寻求法律帮助：如果公司面临法律纠纷或需要法律帮助，应及时咨询专业律师，了解自身权利和义务，制定合适的应对策略。

总结来说，公司在承担政府项目时泄露机密文件可能会面临行政责任、刑事责任和民事责任等多重法律后果。因此，公司应高度重视保密工作，加强内部管理，防止类似事件的发生。如果发生泄露事件，公司应立即采取补救措施，报告相关部门，并寻求法律帮助以应对可能的法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。