针对超支运转经费1000万的问题，需根据超支原因、性质及主体身份分情况处理，核心结论如下：

1. 若超支因预算编制不合理或管理疏漏导致（非主观故意）

   • 内部整改优先：立即停止超支行为，重新核算经费缺口，通过调整后续预算、压缩非必要开支或申请追加预算弥补缺口。例如，若为行政单位超支，需按《行政单位财务规则》第40条，向财政部门提交书面说明并申请补批。
     
   • 责任追究：若超支涉及违规审批或管理失职，需对直接责任人（如财务负责人、分管领导）进行内部处分（如警告、记过），并完善审批流程以避免再次发生。
     

2. 若超支涉及挪用、虚报等违法行为（主观故意）

   • 法律责任：根据《刑法》第271条（职务侵占罪）或第382条（贪污罪），若超支系通过伪造凭证、套取资金等方式实现，且金额达6万元以上（职务侵占罪立案标准）或3万元以上（贪污罪），可能面临刑事追责。例如，某企业财务人员通过虚开发票套取1000万用于个人消费，可能被判10年以上有期徒刑。
     
   • 民事赔偿：若超支导致单位损失（如合同违约、项目停滞），责任人需承担民事赔偿责任，单位可通过诉讼追偿。
     

3. 若超支主体为国有企业或受财政监管单位

   • 审计与整改：需接受审计部门专项审计，根据《企业国有资产法》第45条，若超支涉及违规投资或利益输送，需限期整改并上缴违规所得。例如，某国企超支1000万用于高管福利，审计部门可要求追回资金并处罚相关人员。
     
   • 信用惩戒：超支行为可能被纳入企业或个人信用记录，影响后续融资、项目审批等（如《政府采购法》第22条对供应商诚信的要求）。
     

建议行动步骤：

1. 立即冻结超支相关账户，停止资金进一步流出；
   
2. 委托第三方机构（如会计师事务所）进行专项审计，明确超支原因及责任人；
   
3. 根据审计结果，选择内部整改、行政处罚或刑事报案等路径；
   
4. 完善内部财务制度（如设置预算预警线、加强审批层级），避免重复发生。
   

提示：超支处理需兼顾法律合规与实际损失控制，若涉及复杂财务操作或跨部门协调，可进一步向我提供细节（如超支资金用途、主体性质等），我将针对性分析风险点。