结论：商标侵权协议只有夫妻一方签名，但另一方支付赔偿金的情况，可能涉及夫妻共同债务的认定及协议效力问题，需根据具体情况分析。

一、协议效力分析

1. 签名方效力：

   • 商标侵权协议若仅由夫妻一方签名，原则上该协议对签名方具有法律约束力。签名方需按照协议约定履行相应义务，如支付赔偿金等。

2. 非签名方参与支付：

   • 若另一方（非签名方）实际支付了赔偿金，这并不直接改变协议的效力。但此行为可能表明非签名方对协议内容知情并同意，或者至少是对支付赔偿金这一行为表示认可。

二、夫妻共同债务认定

1. 共同债务原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，夫妻双方共同签名或者夫妻一方事后追认等共同意思表示所负的债务，以及夫妻一方在婚姻关系存续期间以个人名义为家庭日常生活需要所负的债务，属于夫妻共同债务。

2. 本案分析：

   • 若商标侵权行为发生在婚姻关系存续期间，且赔偿金用于解决因侵权行为产生的共同债务或家庭共同利益，那么即使协议仅由一方签名，另一方支付赔偿金的行为也可能被视为对共同债务的认可，从而构成夫妻共同债务。
   • 若侵权行为与家庭共同生活无关，且非签名方支付赔偿金仅是出于个人意愿或帮助签名方解决个人问题，那么该债务可能不被认定为夫妻共同债务。

三、法律建议

1. 明确协议内容：

   • 在签订商标侵权协议时，应明确协议双方的权利义务，包括赔偿金的支付方式、支付时间等。若涉及夫妻双方，最好双方共同签名确认，以避免后续纠纷。

2. 保留支付证据：

   • 无论哪一方支付赔偿金，都应保留好支付凭证，如转账记录、收据等。这些证据在后续可能涉及的纠纷中至关重要。

3. 咨询专业律师：

   • 若对协议效力或夫妻共同债务认定存在疑问，建议及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见，帮助当事人维护自身合法权益。

四、可能法律后果

1. 若认定为夫妻共同债务：

   • 夫妻双方需共同承担赔偿责任，即无论哪一方都有义务支付全部赔偿金。若一方未支付，另一方需承担连带责任。

2. 若未认定为夫妻共同债务：

   • 则仅由签名方承担赔偿责任。非签名方无需承担法律责任，但若其自愿支付赔偿金，则视为对签名方的帮助或赠与，不影响协议效力及责任承担。

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