营运车挂靠协议在符合法律规定和双方真实意愿的情况下，是具有法律效力的。以下是对这一问题的详细分析：
一、合同有效的基本条件
主体合格：挂靠方和被挂靠方都应具备相应的民事行为能力，能够独立承担民事责任。这是合同生效的前提条件，确保双方都有能力履行合同义务。
意思表示真实：合同必须是双方基于平等、自愿的原则，对挂靠事项、权利义务等内容达成一致的真实意思表示。不存在欺诈、胁迫等导致合同可撤销的情形，确保合同的合法性和有效性。
内容合法：合同内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，特别是关于交通运输方面的法规。虽然《道路运输条例》对运输经营许可有所规定，但这多为管理性强制性规定，违反并不必然导致合同无效，除非违反了效力性强制性规定。例如，若挂靠协议是为了合法从事运输经营活动，且双方均具备相应资质，则合同内容合法。
形式合法：虽然一般的营运车挂靠协议不需要特别的法定形式，但如果法律或行政法规有特别规定，如要求书面形式或公证等，则必须遵守，否则可能影响合同的效力。
二、合同可能无效的情形
违反法律法规效力性强制性规定：如果挂靠协议的内容或目的违反了法律的效力性强制性规定，如以挂靠形式从事道路运输经营活动但缺乏相应资质，或者存在恶意串通损害国家、集体或第三人利益的情形，那么该协议将被判定为无效。
存在欺诈、胁迫等可撤销情形且被撤销：若一方以欺诈、胁迫手段订立合同，或双方恶意串通损害国家、集体或第三人利益，或以合法形式掩盖非法目的，合同可能被认定无效。例如，被挂靠方隐瞒其资质问题导致合同被撤销。
损害社会公共利益：如果挂靠车辆的运营对社会公共利益构成威胁，如存在严重安全隐患或被挂靠方不履行管理义务，导致大量不符合安全标准的车辆上路行驶，合同可能因损害公共利益而被认定无效。
三、实际应用中的建议
签订前咨询专业律师：鉴于营运车挂靠协议的复杂性，建议在签订前务必咨询专业律师，确保合同条款的合法性、合规性。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议，帮助双方规避潜在的法律风险。
严格遵守法律法规：双方在履行合同过程中应严格遵守法律法规，避免产生不必要的法律风险。例如，确保挂靠车辆具备相应的运营资质，遵守交通规则，确保运输安全等。
及时寻求法律途径解决纠纷：若发生纠纷，应及时寻求法律途径解决，以维护自身合法权益。在诉讼过程中，双方应提供充分的证据支持自己的主张，以便法院作出公正的判决。
综上所述，营运车挂靠协议的效力需根据具体情况进行判断。在签订和履行合同时，双方应充分了解相关法律法规，确保合同的合法性和有效性。若您有任何关于营运车挂靠协议的法律问题，可以直接向我咨询，我将为您提供专业的法律意见和帮助。