事业单位人员利用职务之便或业余时间从事工程盈利40万，需根据具体情况区分处理，核心结论如下：

1. 若利用职务便利或单位资源从事工程盈利，可能涉嫌违纪违法
   根据《事业单位工作人员处分暂行规定》第十八条，事业单位人员不得“违反国家规定，从事、参与营利性活动或者兼任职务领取报酬”。若盈利行为与职务直接关联（如利用单位设备、技术、信息或职务影响力承揽工程），则属于违规行为，盈利需全额上缴单位，并可能面临警告、记过、降低岗位等级甚至开除处分；若涉及金额较大或情节严重，还可能构成《刑法》中的“受贿罪”或“非法经营同类营业罪”（如为国企事业单位人员），需承担刑事责任。

2. 若完全以个人名义、利用业余时间且未使用单位资源从事工程，需区分是否违反单位内部规定

   • 若单位明确禁止员工兼职或营利性活动：即使未使用单位资源，盈利行为仍违反内部纪律，可能面临行政处分（如警告、记过），但盈利通常无需上缴（除非单位规定需申报收入）。
     
   • 若单位无明确禁止规定：盈利行为本身不违法，但需注意两点：
     
     • 税务合规：需按“经营所得”缴纳个人所得税（税率5%-35%），若未申报可能面临税务处罚；
       
     • 利益冲突申报：若工程与单位业务存在潜在竞争或关联，需提前向单位申报，避免后续纠纷。

3. 特殊情形：事业单位人员经批准兼职或离岗创业
   根据《关于支持和鼓励事业单位专业技术人员创新创业的指导意见》，部分事业单位人员经单位批准后，可兼职或离岗创业（保留人事关系3年内）。此类情形下，盈利需按单位规定分配（如部分上缴），且需确保不损害单位利益。

建议行动步骤：

1. 立即梳理盈利行为是否涉及单位资源、职务便利或内部规定；
   
2. 若存在违规风险，主动向单位说明情况并上缴不当所得，争取从轻处理；
   
3. 咨询税务机关补缴税款，避免税务风险；
   
4. 若对处理方式有异议，可申请单位内部申诉或通过劳动仲裁解决。
   

如有进一步细节（如单位性质、盈利方式等），可向我补充说明，我会为您细化分析。