发现申请执行人存在违法行为，可依据违法性质及阶段采取以下处理措施：

1. 执行程序启动前发现违法行为
   若申请执行人在申请强制执行前存在伪造证据、虚假诉讼、恶意串通损害他人权益等违法行为，可向执行法院提交书面异议申请，要求法院审查申请执行人的主体资格及执行依据合法性。根据《民事诉讼法》第232条，法院应在15日内审查并裁定中止执行或驳回异议。若异议成立，法院将撤销执行申请；若异议被驳回，可自收到裁定书之日起10日内向上一级法院申请复议。

2. 执行程序进行中发现违法行为
   若申请执行人在执行过程中存在超标的查封、违规处置财产、与被执行人恶意串通转移资产等行为，可依据《民事诉讼法》第234条向执行法院提出执行行为异议。法院需在15日内审查并裁定纠正或驳回异议。对裁定不服的，可在10日内向上一级法院申请复议。若违法行为涉及刑事犯罪（如拒不执行判决、裁定罪），可向公安机关报案，由公安机关立案侦查。

3. 执行程序终结后发现违法行为
   若执行程序已终结，但发现申请执行人通过伪造证据、虚假诉讼等手段获取执行依据，可依据《民事诉讼法》第236条向执行法院提出执行回转申请，要求恢复原状或退还财产。同时，可向法院审判监督部门申请再审，撤销原生效法律文书。若违法行为造成损失，可另行提起民事诉讼要求赔偿。

特别提示：

• 处理此类问题需严格区分“执行行为违法”与“执行依据违法”。前者针对执行程序中的违规操作，后者针对生效法律文书本身的错误。
  
• 证据收集是关键，需保留申请执行人违法行为的书面证据、视听资料或证人证言。
  
• 若涉及复杂法律程序或刑事犯罪，建议同步委托律师介入，以确保程序合法性及权益最大化。
  

如有具体案件细节需要分析，可直接向我提供更多信息，我将结合实务经验为您制定应对方案。