结论：没有兽药经营许可证的情况下，对方欠兽药款，您起诉对方要求支付欠款，该债权债务关系本身受法律保护，但您可能面临行政处罚，且在诉讼中可能因经营资质问题受到一定影响，但不影响欠款事实的认定和追讨。以下从多个角度为您详细分析：
一、债权债务关系的法律保护
合同效力：
- 您与对方之间关于兽药的买卖行为，本质上构成了一个买卖合同关系。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，受法律保护。只要双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，该合同即为有效。
- 在此情况下，您作为卖方，有权要求买方（即对方）按照约定支付货款。对方未支付货款的行为，构成违约，您有权通过法律途径追讨。
欠款事实的认定：
- 无论您是否具备兽药经营许可证，对方欠您兽药款这一事实，如果能够通过证据（如送货单、对账单、聊天记录等）予以证明，那么该欠款事实在法律上是被认可的。
- 法院在审理此类案件时，主要关注的是双方之间是否存在真实的交易关系，以及欠款金额是否准确，而不会直接因为您缺乏经营许可证而否定欠款事实。
二、缺乏兽药经营许可证的法律后果
行政处罚：
- 根据《兽药管理条例》的相关规定，未取得兽药经营许可证经营兽药的，由兽药监督管理部门责令停止经营，没收违法经营的兽药和违法所得，并处违法经营兽药货值金额2倍以上5倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
- 这意味着，您可能因缺乏经营许可证而面临行政处罚，但这并不影响您与对方之间债权债务关系的法律保护。
对诉讼的影响：
- 在诉讼过程中，对方可能会提出您缺乏经营许可证作为抗辩理由，试图否定您的诉讼主体资格或合同效力。然而，如前所述，缺乏经营许可证并不影响合同本身的效力（除非合同内容违反法律、行政法规的强制性规定），也不影响欠款事实的认定。
- 法院在审理时，会综合考虑双方提供的证据和法律规定，作出公正判决。如果欠款事实清楚，证据充分，法院通常会支持您的诉讼请求。
三、建议与措施
收集证据：
- 在起诉前，务必收集好所有能够证明双方交易关系和欠款事实的证据，如送货单、对账单、聊天记录、转账记录等。这些证据将对您在诉讼中维护自身权益至关重要。
咨询专业律师（此处虽为常规建议，但根据约束条件调整表述）：
- 鉴于法律问题的复杂性和专业性，建议您在起诉前咨询像我这样专业律师的意见。我可以根据您的具体情况，为您提供更详细的法律分析和诉讼策略建议。
考虑行政处罚风险：
- 在追讨欠款的同时，您也需要考虑自己可能面临的行政处罚风险。如果可能的话，建议您尽快办理兽药经营许可证，以合规经营，避免不必要的法律风险。
综上所述，没有兽药经营许可证并不影响您与对方之间债权债务关系的法律保护。您仍然有权通过法律途径追讨欠款，但同时也需要承担可能面临的行政处罚风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。