工程总承包合同条款变更后与招标文件冲突，一般情况下是不可以的，但具体需视变更内容及法律规定而定。以下从不同角度进行分析：
一、合同变更与招标文件冲突的合法性分析
合同变更的合法性基础：
- 合同变更通常基于双方当事人的协商一致，且变更内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得损害国家、集体或第三人的利益。在工程总承包合同中，变更条款同样需要遵循这一原则。
招标文件的法律效力：
- 招标文件是招标人向潜在投标人发出的要约邀请，其中包含了招标项目的各项要求和条件。投标人根据招标文件编制投标文件，中标后，招标文件和中标人的投标文件均成为合同的组成部分。因此，招标文件对合同双方具有法律约束力。
冲突的法律后果：
- 如果工程总承包合同条款变更后与招标文件冲突，且该变更未经过招标人的同意或未按照法定程序进行，那么这种变更可能被视为无效。因为变更内容违反了招标文件的约定，损害了招标人的利益，也可能破坏了招投标市场的公平竞争秩序。
二、可能允许变更的例外情况
招标人同意变更：
- 如果招标人同意对合同条款进行变更，并且这种变更符合法律法规的规定，那么变更后的条款是有效的。但这种情况下，通常需要双方签订书面变更协议，并明确变更的内容、范围、时间等要素。
法律法规的强制性规定：
- 在某些情况下，法律法规可能对工程总承包合同的某些条款有强制性规定。如果招标文件中的相关条款与这些强制性规定相冲突，那么合同双方可能需要按照法律法规的规定进行变更。但这种情况下，变更通常不是由合同双方自行决定的，而是需要依据法律法规的明确规定进行。
三、法律建议
谨慎变更合同条款：
- 在工程总承包合同履行过程中，如果需要对合同条款进行变更，建议双方当事人谨慎对待，并充分协商一致。变更内容应明确、具体，且不得违反法律法规的强制性规定和招标文件的约定。
遵循法定程序：
- 如果变更内容涉及重大事项或可能影响招标人的利益，建议按照法定程序进行变更。例如，可能需要重新进行招投标程序或获得相关部门的批准等。
及时咨询专业律师：
- 在处理工程总承包合同条款变更与招标文件冲突的问题时，建议及时咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供法律建议和解决方案，帮助当事人避免法律风险。
总结来说，工程总承包合同条款变更后与招标文件冲突，一般情况下是不被允许的。但如果在特定情况下（如招标人同意变更或法律法规有强制性规定），可能允许进行变更。在处理此类问题时，建议双方当事人谨慎对待，并遵循法定程序进行变更。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。