针对两家公司涉嫌串标且不配合调查的情况，核心结论是：可通过行政、刑事、民事多维度法律手段应对，具体需结合证据收集、执法程序推进及诉讼策略制定。以下分情况详细说明：
一、行政层面：启动强制调查程序，固定违法证据
依据《招标投标法》第53条：串通投标行为由行政监督部门（如发改委、住建部门）查处，若企业拒不配合调查，行政机关可采取以下措施：
- 书面责令配合：要求企业限期提交投标文件、合同、资金往来记录等关键材料；
- 现场检查权：直接进入企业办公场所检查电子数据、财务系统等，企业不得拒绝；
- 第三方协助：委托会计师事务所、鉴定机构对资金流向、技术标雷同度等进行专业审计，突破企业不配合的障碍。
证据固定要点：
- 重点收集客观证据（如IP地址重复投标、报价呈规律性差异、技术方案高度雷同）；
- 调取第三方记录（如银行流水显示关联公司资金往来、通信记录显示密谋沟通）；
- 若企业销毁证据，可依据《行政处罚法》第56条，对其直接负责的主管人员和其他责任人员处以罚款，形成威慑。
二、刑事层面：推动公安机关立案，追究刑事责任
串标行为的刑事定性：
- 若串标情节严重（如损害国家利益、造成重大经济损失），可能构成《刑法》第223条串通投标罪，处3年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金；
- 若涉及行贿、受贿等关联犯罪（如为中标向招标方行贿），则可能数罪并罚，刑罚更重。
公安机关立案的突破口：
- 行政转刑事：行政机关在调查中发现涉嫌犯罪的，应将案件移送公安机关，企业不配合不影响移送程序；
- 举报人证据：若其他投标人、内部员工掌握录音、聊天记录等直接证据，可向公安机关举报；
- 技术侦查手段：对拒不配合的企业，公安机关可依法采取技术侦查措施（如监控通信、调取电子数据），但需严格审批程序。
三、民事层面：通过诉讼主张赔偿，形成经济压力
其他投标人的救济路径：
- 依据《民法典》第157条，其他投标人可起诉串标企业，要求赔偿因串标导致的投标费用损失（如标书制作费、差旅费）；
- 若招标项目已签订合同，招标人可起诉串标企业，要求撤销合同并赔偿差价损失（如中标价高于市场价的差额）。
诉讼策略要点：
- 申请财产保全：在起诉时同步申请冻结企业账户、查封资产，防止其转移财产；
- 举证责任倒置：若企业拒不提交关键证据（如投标文件原件），可申请法院责令其提交，逾期不提交则承担不利后果；
- 联合举证：多家受损企业可联合起诉，共享证据（如共同委托审计机构审计资金流向），降低诉讼成本。
四、企业不配合的应对建议
- 对行政机关：明确告知企业“不配合调查不免除违法责任”，反而可能因“阻碍执法”被加重处罚；
- 对公安机关：强调串标行为的社会危害性（如破坏市场公平竞争、损害公共利益），推动立案；
- 对法院：在诉讼中申请“强制披露令”，要求企业必须提交特定证据，否则直接认定其主张不成立。
最后提醒：串标案件的关键是证据链的完整性，需从资金、技术、人员、通信等多维度构建证据体系。若您需要进一步分析具体证据或制定应对方案，可直接向我咨询，我会结合案件细节提供针对性建议。