结论：仅持有保育员证且作为事业单位临聘教师工作十二年，能否申请签订三年合同需分情况讨论，具体如下：
- 合同期限的法定限制
根据《劳动合同法》第十二条、第十三条，事业单位与劳动者建立劳动关系时，合同期限分为固定期限、无固定期限和以完成一定工作任务为期限三种类型。其中，固定期限合同由双方协商确定，法律未对具体年限（如三年）设置强制性限制，但需符合以下条件：
- 劳动者提出或同意续订、订立劳动合同；
- 用人单位未以“劳动者患病或非因工负伤医疗期满后不能从事原工作”“不能胜任工作经培训或调岗后仍不能胜任”“客观情况重大变化导致合同无法履行”等法定理由拒绝续订。
关键点：若您与单位协商一致，且单位无合法理由拒绝，可签订三年固定期限合同。
- 无固定期限合同的签订条件
根据《劳动合同法》第十四条，若您在单位连续工作满十年，且提出或同意续订劳动合同，除您要求订立固定期限合同外，单位应当签订无固定期限合同。
- 工作年限认定：需连续工作满十年，且无中断（如离职后重新入职可能不累计）；
- 主动提出要求：您需明确向单位表达签订无固定期限合同的意愿，否则单位可能默认签订固定期限合同。
关键点：若您符合连续工作十年的条件，可优先主张签订无固定期限合同，而非三年固定期限合同。
- 资质与岗位匹配性对合同签订的影响
- 保育员证与教师岗位的资质要求：若单位招聘时明确要求教师需持有教师资格证，而您仅持有保育员证，可能面临“不具备岗位资质”的争议。此时单位可能以“劳动者不能胜任工作”为由调整岗位或终止合同，但需提供证据（如考核记录、培训证明等）。
- 实际工作内容与合同约定：若您十二年来实际从事教师工作且单位未提出异议，可主张“事实劳动关系”，要求按教师岗位签订合同。但单位仍可能以“资质不符”抗辩，需结合具体证据判断。
关键点：资质问题可能影响合同签订，但需结合单位招聘要求、实际工作内容及双方协商情况综合判断。
建议行动步骤：
- 与单位协商：明确表达签订三年固定期限或无固定期限合同的意愿，并留存书面沟通记录（如邮件、微信等）；
- 核查单位资质要求：确认招聘公告、劳动合同中是否明确要求教师资格证，若未明确，可主张按实际工作内容签订合同；
- 收集工作证据：整理工资条、考勤记录、工作成果等，证明连续工作十二年及实际从事教师工作的事实；
- 咨询专业意见：若单位拒绝协商或存在争议，可进一步向我咨询，我将结合具体证据分析维权路径。
如有其他细节需补充，欢迎随时告知，我会为您详细解答。