结论：员工停薪留职期满不来上班，是否可以辞退需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、停薪留职协议的约定
协议内容明确：如果停薪留职协议中明确约定了期满后员工应返回工作岗位的时间、方式以及未按时返回的处理方式，那么员工未按照协议约定返回的，用人单位可以依据协议约定进行处理，包括辞退员工。但在此之前，用人单位应确保已经履行了通知义务，即通知员工期满后应返回工作岗位，并告知未按时返回的后果。
协议内容不明确：如果停薪留职协议中没有明确约定期满后的处理方式，或者约定不明确，那么用人单位不能直接辞退员工。此时，用人单位应与员工进行协商，明确期满后的工作安排。如果员工拒绝返回工作岗位，用人单位可以考虑依据《劳动合同法》的相关规定，以员工严重违反用人单位规章制度为由辞退员工，但前提是用人单位必须有明确的规章制度，并且该规章制度已经告知员工，员工的行为确实违反了规章制度。
二、用人单位的规章制度
规章制度明确：如果用人单位的规章制度中明确规定了停薪留职期满后员工未返回工作岗位的处理方式，如视为旷工、严重违反规章制度等，并且该规章制度已经依法制定、公示并告知员工，那么用人单位可以依据规章制度辞退员工。
规章制度不明确或未制定：如果用人单位没有制定相关规章制度，或者规章制度中没有明确规定停薪留职期满后员工未返回工作岗位的处理方式，那么用人单位不能直接辞退员工。此时，用人单位应与员工进行协商，或者依据《劳动合同法》的相关规定，通过合法程序解除劳动合同。
三、法律程序与证据收集
法律程序：无论基于何种原因辞退员工，用人单位都必须遵循法律程序，如提前通知、支付经济补偿等。如果用人单位未按照法律程序辞退员工，可能面临违法解除劳动合同的法律风险。
证据收集：在辞退员工之前，用人单位应收集充分的证据证明员工的行为确实违反了协议约定或规章制度，如停薪留职协议、规章制度、通知记录、员工未返回工作岗位的证据等。这些证据将有助于用人单位在劳动争议仲裁或诉讼中维护自己的合法权益。
四、建议与风险提示
建议：对于停薪留职期满不来上班的员工，用人单位应首先与员工进行沟通协商，了解员工未返回工作岗位的原因，并尝试达成一致意见。如果无法协商一致，用人单位应依据协议约定或规章制度进行处理，并确保处理过程合法合规。
风险提示：辞退员工是一项严肃的法律行为，用人单位在做出决定前应充分考虑法律后果和风险。如果用人单位未按照法律程序或规定辞退员工，可能面临支付赔偿金、恢复劳动关系等法律风险。因此，建议用人单位在处理此类问题时咨询专业律师的意见，以确保自己的合法权益得到保障。
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