结论前置：国企员工16年前吸毒被公安机关拘留，现在被单位知道，单位仍有可能依据相关规定进行处理，但具体处理方式需结合实际情况判断，且不存在所谓的“终究时效”问题。以下从法律和企业内部管理两个层面进行详细分析：
一、法律层面
治安管理处罚的时效性：
- 根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，对于违反治安管理的行为，公安机关在发现或接到举报后，应在一定期限内进行调查处理。然而，这一时效性主要针对的是公安机关的调查处理程序，而非对违法行为的最终处理结果。也就是说，即使违法行为发生在多年前，一旦被发现或举报，公安机关仍可依法进行调查，并根据调查结果作出相应处理。但在此案例中，员工已被公安机关拘留，说明当时已经受到了相应的治安管理处罚。
刑事责任的追究时效：
- 吸毒行为本身并不构成犯罪，除非涉及贩卖、运输、制造毒品等严重情节。因此，从刑事责任的角度来看，不存在追究时效的问题。员工因吸毒被拘留，并未涉及刑事责任的追究。
二、企业内部管理层面
单位规章制度的适用性：
- 国企通常有其严格的规章制度，对于员工的违法行为，尤其是涉及吸毒等严重违反社会公德和职业道德的行为，单位有权依据规章制度进行处理。这些处理可能包括警告、记过、降级、撤职甚至解除劳动合同等。
- 重要的是，单位的规章制度应明确规定对违法行为的处理方式和时效。如果规章制度中未明确规定处理时效，或者规定与法律法规相冲突，那么单位在处理时应遵循法律法规的原则和精神。
劳动合同的解除：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工严重违反用人单位规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。在此案例中，如果员工的吸毒行为被单位认定为严重违反规章制度，且规章制度中有明确规定，那么单位有权解除与该员工的劳动合同。
- 需要注意的是，单位在解除劳动合同时应确保事实清楚、证据确凿，并遵循法定程序，如事先通知工会等。
实际处理中的考量因素：
- 在实际处理中，单位可能会考虑多种因素，如员工的吸毒行为是否对单位造成实际损害、员工是否已戒除毒瘾并重新融入社会、员工的工作表现及态度等。这些因素可能影响单位对员工的最终处理决定。
三、关于“终究时效”的说明
- 在法律层面，不存在针对此类违法行为的“终究时效”概念。只要违法行为被发现或举报，且符合法律规定的处理条件，单位或公安机关均可依法进行处理。
- 在企业内部管理层面，虽然规章制度可能规定处理时效，但这一时效通常是为了规范管理流程和提高效率，而非限制单位对违法行为的处理权利。
建议与总结：
- 对于员工而言，应严格遵守法律法规和单位规章制度，远离毒品等违法行为。如果已存在吸毒等不良记录，应积极戒除毒瘾并努力重新融入社会。
- 对于单位而言，在处理此类问题时应确保事实清楚、证据确凿，并遵循法律法规和规章制度的原则和精神。同时，也应考虑员工的实际情况和改过自新的可能性，给予适当的帮助和支持。
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