店铺因停止经营需退还会员费用的，应按照以下步骤处理，确保合法合规并降低纠纷风险：

1. 核查合同条款与会员协议
   首先需审查会员协议中关于“退费”的约定。若协议明确约定了“店铺停业时退还未使用余额”或类似条款，则应严格按约定执行；若协议未约定或约定模糊，则需依据《民法典》中关于合同履行及消费者权益保护的相关规定处理。

   • 法律依据：根据《民法典》第577条，当事人一方不履行合同义务或履行不符合约定的，应承担继续履行、采取补救措施或赔偿损失等违约责任。若店铺因自身原因停业，无法继续提供服务，属于违约行为，会员有权要求退还未使用部分的费用。

2. 计算应退费用金额
   退费金额应按会员未使用的服务期限或次数比例计算。例如：

   • 若会员充值1000元购买10次服务，已使用3次，则应退还700元；
     
   • 若会员办理年卡（12个月），已使用3个月，则应退还剩余9个月的费用（按实际支付金额折算）。
     
   • 注意：若会员享受过优惠（如“买一送一”），退费时需按实际支付金额与享受优惠的比例分摊，避免全额退还导致不公平。

3. 书面通知会员并协商退费方案
   店铺应通过书面形式（如邮件、短信或公告）通知会员停业及退费安排，避免口头沟通引发争议。通知内容需包括：

   • 停业原因及时间；
     
   • 退费计算方式及金额；
     
   • 退费方式（如原路返还、银行转账等）及时间节点；
     
   • 会员反馈渠道（如联系电话、邮箱等）。
     
   • 建议：若会员对退费金额有异议，可协商部分补偿（如赠送礼品、延长其他服务期限等），以促成和解。

4. 履行退费义务并留存证据
   店铺需按约定时间完成退费，并保留转账记录、会员签字确认的退费协议等证据，以证明已履行义务。若会员拒绝接收退费或联系不上，可提存至公证处或法院，避免被认定为“拒不退费”。

   • 风险提示：若店铺未及时退费，会员可能向市场监管部门投诉或提起民事诉讼，店铺需承担退费本金及可能的利息、诉讼费等额外成本。

5. 特殊情形处理

   • 店铺破产或无力退费：若店铺因资不抵债进入破产程序，会员需向破产管理人申报债权，按《企业破产法》规定的清偿顺序参与分配；
     
   • 会员恶意索赔：若会员要求退还已使用部分的费用或提出不合理赔偿，店铺可拒绝并告知其通过法律途径解决，同时保留相关证据（如服务记录、会员签字确认单等）以应对诉讼。

总结：店铺停业后退还会员费用的核心是“合法、合理、透明”。建议优先通过协商解决，若协商不成，需做好应诉准备。如有具体案例或合同条款需要分析，可直接向我咨询。