结论前置：和公司有纠纷时，能否限制公司做减资注销业务，需视具体情况而定，主要取决于纠纷的性质、公司减资注销的合法性以及是否损害了您的合法权益。以下从不同角度为您详细分析：
纠纷性质与减资注销的关联性
- 一般合同纠纷或债权债务纠纷：若您与公司之间存在一般的合同纠纷或债权债务纠纷，这通常不会直接阻止公司进行减资或注销。但是，如果公司的减资或注销行为导致您的债权无法得到清偿，或者公司通过减资注销逃避债务，那么您有权依法主张权利。例如，根据《公司法》的相关规定，公司减资时应当编制资产负债表及财产清单，并通知债权人，债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，有权要求公司清偿债务或者提供相应的担保。若公司未履行这些义务，您可以通过法律途径维护自己的权益。
- 股东权益纠纷：若您作为公司的股东，与公司之间存在股东权益纠纷，如股东会决议无效、股东权益受损等，这可能影响公司的减资注销决策。在这种情况下，您可以通过提起股东会决议撤销之诉或股东权益受损之诉等法律程序，来阻止或撤销公司的减资注销行为，以保护自己的股东权益。
公司减资注销的合法性审查
- 合法减资注销：如果公司按照法定程序进行减资注销，且没有损害您的合法权益，那么您通常无法直接限制公司的这一行为。但是，您仍然有权要求公司按照法定程序进行，并确保您的权益不受损害。
- 非法减资注销：如果公司减资注销行为存在违法情形，如未履行法定程序、未通知债权人、逃避债务等，那么您有权向相关部门举报或提起法律诉讼，要求撤销公司的减资注销行为，并追究相关责任人的法律责任。
您的法律救济途径
- 提起诉讼：若您认为公司的减资注销行为损害了您的合法权益，您可以向法院提起诉讼，要求公司停止减资注销行为、赔偿损失或恢复原状等。
- 申请财产保全：在提起诉讼的同时，您还可以向法院申请财产保全，冻结公司的资产，以确保您的债权能够得到清偿。
- 参与清算程序：如果公司已经进入清算程序，您作为债权人或股东，有权参与清算过程，监督清算组的清算行为，并确保自己的权益得到妥善处理。
法律建议：面对与公司之间的纠纷以及公司可能的减资注销行为，我建议您首先收集相关证据，明确自己的权益和诉求。然后，根据纠纷的性质和公司的行为情况，选择合适的法律途径来维护自己的权益。如果您对此感到困惑或不确定如何操作，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。