结论：存在债权纠纷的公司，在未经妥善处理这些纠纷并完成法定清算程序之前，是不可以申请注销的。只有在债权债务得到清理，且按照法定程序进行破产清算或普通清算后，公司方可依法申请注销。以下从多个角度进行详细分析：

一、公司注销的法定程序与债权债务处理

根据《中华人民共和国民法典》及《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司注销必须遵循严格的法定程序，其中核心环节是清算。清算的目的是为了彻底清理公司的债权债务关系，确保所有债权人的权益得到妥善处理。具体流程包括：

1. 成立清算组：公司在解散事由出现后的十五日内，应成立清算组，开始清算工作。
2. 通知债权人并申报债权：清算组需在十日内通知债权人，并在六十日内通过报纸公告。债权人应在接到通知后的三十日内，或未接到通知的自公告之日起四十五日内，向清算组申报其债权。
3. 清理债权债务与制定清算方案：清算组需清理公司财产，编制资产负债表和财产清单，随后制定清算方案，并提交给股东会、股东大会或人民法院确认。
4. 清偿顺序与剩余财产分配：公司财产在支付清算费用、职工工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，以及清偿公司债务后，如有剩余，将按股东的出资比例（有限责任公司）或股份比例（股份有限公司）进行分配。
5. 申请注销登记：清算结束后，清算组需制作清算报告，经确认后报送公司登记机关，申请注销公司登记，并公告公司终止。

法律建议：在清算过程中，公司应确保所有债权人均得到通知，并有机会申报债权。同时，清算组应严格按照法定清偿顺序处理债务，避免损害任何债权人的利益。

二、未处理债权债务即注销的法律后果

如果公司在存在债权债务纠纷且未依法进行清算的情况下尝试注销，将面临严重的法律后果：

1. 股东责任：若公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任以逃避债务，严重损害债权人利益，将对公司债务承担连带责任。若公司未经清算即办理注销登记，导致无法清算，债权人可主张有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及实际控制人对公司债务承担清偿责任。
2. 清算组成员责任：清算组成员需忠于职守，依法履行清算义务。因故意或重大过失给公司或债权人造成损失的，应承担赔偿责任。
3. 债权人救济途径：如公司未经依法清算即被注销，债权人可根据《民事诉讼法司法解释》的相关规定，向已注销公司的股东、发起人或出资人请求赔偿，以维护自身合法权益。

法律建议：公司应避免在存在债权债务纠纷的情况下尝试注销，以免面临严重的法律后果。如果确实需要注销，应确保所有债权债务得到妥善处理，并依法完成清算程序。

三、特殊情况下的处理

如果在清算过程中发现公司财产不足清偿债务，清算组应依法向人民法院申请宣告破产。公司经人民法院裁定宣告破产后，清算组需将清算事务移交给人民法院处理。此时，公司需按照破产法的规定进行债务清偿和资产分配。

法律建议：在清算过程中，如果发现公司财产不足清偿债务，公司应及时向人民法院申请宣告破产，并按照破产法的规定进行后续处理。这有助于保护债权人的利益，并避免公司因违法注销而面临更严重的法律后果。

四、公司注销后债权的处理方式

1. 股东承继：若公司注销时存在未清偿的债权，且股东在注销过程中存在过错（如未依法履行清算义务），股东可能需对公司债务承担赔偿责任。债权人可向有过错的股东主张权利。
2. 权利保留：公司注销后，原公司债权并不自然消失。若后续发现有可供清偿的财产或其他合法追偿途径，债权人仍可依法维护自身权益。
3. 特殊情形：如公司未经清算即办理注销登记，导致无法进行清算，债权人可主张有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东以及公司实际控制人对公司债务承担清偿责任。即使公司注销，其未实现的债权仍作为公司剩余财产的一部分归原股东所有，股东有权追索以保护自身合法权益。

法律建议：公司注销后，如果债权人发现存在未清偿的债权或公司财产未得到妥善处理，应及时向相关责任人主张权利或寻求法律救济。同时，股东也应关注公司注销后的债权处理情况，以保护自身合法权益。

综上所述，存在债权纠纷的公司必须依法进行清算并妥善处理债权债务后才能申请注销。在整个过程中，应确保债权人的合法权益得到保障。如果公司未经清算或违法注销，将面临严重的法律后果。因此，建议公司在面临债权纠纷时及时咨询，依法妥善处理债务问题以避免不必要的法律风险。