结论：行政部立案但个体工商户注销了营业执照，这一行为可能涉及违反《中华人民共和国市场主体登记管理条例》以及《中华人民共和国行政处罚法》等相关法律法规，具体取决于注销营业执照的时机和背景。
分析说明：
注销营业执照的合法性：
- 个体工商户在符合法定条件时，有权依法注销其营业执照。这是正常的市场退出机制，不违反法律法规。
- 然而，如果个体工商户在行政部已经立案调查，且注销营业执照的行为是为了逃避行政处罚或法律责任，那么这种注销行为就可能构成违法。
违反《中华人民共和国市场主体登记管理条例》：
- 根据该条例，市场主体（包括个体工商户）在注销登记时，应当依法办理清算，并提交清算报告等文件。如果个体工商户在注销过程中隐瞒重要事实、提供虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实，取得注销登记的，登记机关可以依法作出撤销注销登记等处理决定，并可以给予行政处罚。
- 此外，如果个体工商户在注销后，仍然以原市场主体名义从事经营活动，或者未依法办理注销登记而擅自终止经营活动，也可能构成违法。
违反《中华人民共和国行政处罚法》：
- 如果个体工商户在行政部立案后，为了逃避行政处罚而注销营业执照，这种行为可能构成妨碍行政执法或逃避行政处罚的违法行为。
- 根据行政处罚法的规定，当事人有义务配合行政机关的调查和处罚工作。如果当事人通过注销营业执照等方式逃避处罚，行政机关可以依法采取强制措施，并可能对其处以更严厉的处罚。
法律后果与建议：
- 法律后果：如果个体工商户的注销行为被认定为违法，可能面临登记机关的撤销注销登记、行政处罚（如罚款、没收违法所得等）以及信用惩戒等后果。同时，如果其行为构成犯罪，还可能依法追究刑事责任。
- 建议：对于个体工商户而言，应当依法经营、诚信纳税，并在符合法定条件时依法办理注销登记。如果面临行政调查或处罚，应当积极配合行政机关的工作，主动承担法律责任，而不是试图通过注销营业执照等方式逃避处罚。如果已经注销了营业执照但面临行政调查或处罚，应当及时向行政机关说明情况，并配合调查工作。
特殊情况说明：
- 如果个体工商户在注销营业执照前，已经履行了所有法定义务（如清算、纳税等），并且注销行为本身没有违反任何法律法规，那么即使行政部已经立案，也不会因为注销行为而构成违法。
- 另外，如果行政部在立案后发现个体工商户已经注销营业执照，且注销行为合法合规，那么行政部应当依法终止调查或处罚程序。
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