摩托车及车上的牌照一起协议转让，在符合一定条件下是合法的。以下从多个角度为您详细分析：
一、协议转让的合法性条件
行为人具有相应的民事行为能力：
- 双方当事人必须年满18周岁且精神正常，能够独立实施民事法律行为。若一方为限制民事行为能力人或无民事行为能力人，其签订的转让协议可能效力待定，需经法定代理人追认后才有效。
意思表示真实：
- 双方签订协议的意愿必须是真实、自愿的，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。这要求双方在充分了解摩托车状况及交易条款的基础上签署协议。
内容明确具体且不违反法律法规：
- 协议应详细列明摩托车的基本信息（如品牌、型号、车架号、发动机号等）、转让价格、付款方式、交付时间和地点、过户责任等，确保双方对这些条款达成一致且无歧义。
- 协议内容必须符合法律法规的规定，不能有违法或损害社会公共利益、道德风尚的条款。例如，不能约定逃避摩托车过户登记的法定义务，或以非法目的进行交易。
摩托车来源合法且无权利限制：
- 摩托车必须是合法的，即来源合法，无抵押、查封等权利限制。如果摩托车存在违法情况，如盗窃所得或拼装、报废车辆，转让协议将无效。
二、牌照转让的合法性
- 牌照作为摩托车的附属物：在摩托车转让时，牌照通常作为摩托车的附属物一并转让。但需要注意的是，牌照本身并不具有独立的财产价值，其转让是依附于摩托车转让的。
- 过户手续的重要性：虽然摩托车转让协议在双方签字盖章后即生效，但为确保转让行为的合法有效并保护双方的权益，建议及时办理车辆过户手续，包括牌照的变更登记。根据《机动车登记规定》第十八条，现机动车所有人应在机动车交付之日起三十日内向登记地车辆管理所申请转移登记，并提交相关证明、凭证。
三、实际操作中的注意事项
签订书面协议：
- 为避免纠纷，最好采用书面形式签订摩托车转让协议，明确双方的权利和义务。协议中应详细列明摩托车的各项信息、转让价格、付款方式、交付时间和地点、过户责任等条款。
核查摩托车及牌照信息：
- 在签订协议前，受让方应仔细核查摩托车的来源、状态及是否存在权利限制等信息，同时确认牌照的真实性和有效性。确保所购摩托车合法且无隐患，牌照无伪造、变造等情形。
及时办理过户手续：
- 双方应按照法律规定及时办理车辆过户手续，包括牌照的变更登记。这不仅是法律规定的义务，也是保护双方权益的重要措施。未及时办理过户手续可能导致后续的法律纠纷和责任承担问题。
四、法律后果
- 若协议转让合法有效：则双方应按照协议约定履行各自的义务，享受相应的权利。若一方违约，另一方有权要求其承担违约责任。
- 若协议转让存在违法情形：如摩托车来源不合法、存在权利限制或协议内容违反法律法规等，则转让协议可能无效或被撤销。此时，双方应恢复原状或根据过错程度承担相应的法律责任。
综上所述，摩托车及车上的牌照一起协议转让在符合一定条件下是合法的。但为确保交易的合法性和安全性，建议双方严格遵守相关法律法规，签订书面协议并及时办理过户手续。如果您在摩托车转让过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。