结论前置：在父母通过公证遗嘱将房产指定给女儿，而儿子不同意的情况下，法院的判决通常会尊重遗嘱的效力，将房产判归女儿所有，但也会考虑是否存在特殊情况或法定例外情形。以下是对此问题的详细分析：
一、遗嘱的效力
公证遗嘱的优先性：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，公证遗嘱具有最高的法律效力。这意味着，如果父母已经通过公证遗嘱明确指定了房产的继承人（即女儿），那么这份遗嘱在法律上具有优先性，应当得到尊重和执行。
遗嘱的自愿性和真实性：遗嘱是父母在自愿、真实的意思表示下作出的，他们有权决定自己的财产如何分配。只要遗嘱内容合法、形式要件完备，且没有违反法律强制性规定或公序良俗，那么遗嘱就是有效的。
二、儿子的异议与法院的判决
儿子的异议：儿子作为法定继承人之一，可能对父母的遗嘱分配方案表示不满或异议。然而，这种异议本身并不足以改变遗嘱的效力。除非儿子能够提供充分的证据证明遗嘱存在无效或可撤销的情形（如遗嘱人受胁迫、欺诈等），否则法院通常不会支持儿子的异议。
法院的判决：在遗嘱有效且没有法定例外情形的情况下，法院会尊重遗嘱的效力，将房产判归女儿所有。这是因为遗嘱是父母对自己财产的最终处分意愿，法院应当予以尊重和保护。
三、可能存在的特殊情况或法定例外情形
遗嘱无效的情形：如果遗嘱存在无效的情形（如遗嘱人无民事行为能力或限制民事行为能力、遗嘱内容违反法律强制性规定或公序良俗等），那么遗嘱将不会被法院认可，房产将按照法定继承顺序进行分配。
遗嘱可撤销的情形：如果遗嘱人在遗嘱订立后、死亡前撤销了遗嘱，或者遗嘱人立有多份遗嘱且内容相抵触的，以最后的遗嘱为准。此外，如果遗嘱人因受胁迫、欺诈而订立遗嘱，也有权在法定期限内请求法院撤销遗嘱。
法定继承的适用：在遗嘱无效或可撤销的情况下，或者遗嘱未对全部财产作出处分的情况下，房产将按照法定继承顺序进行分配。根据《中华人民共和国民法典》的规定，法定继承顺序为：第一顺序为配偶、子女、父母；第二顺序为兄弟姐妹、祖父母、外祖父母。在存在第一顺序继承人的情况下，第二顺序继承人不参与继承。
四、建议与注意事项
保留证据：如果女儿面临儿子的异议或诉讼，应当妥善保管遗嘱原件及相关证据材料，以便在需要时向法院提供。
寻求法律帮助：如果女儿对遗嘱的效力或继承问题存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以便获得更具体的法律建议和帮助。
尊重家庭和谐：在处理此类家庭财产纠纷时，建议各方保持冷静和理性，尊重彼此的权益和感受，尽量通过协商和调解的方式解决争议，以维护家庭和谐和社会稳定。
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