结论：在招标文件中设置允许总公司投标、子公司签订合同的条款，需从明确主体关系、设置授权条款、明确合同签订与履行主体、设置风险防控条款等角度进行设计，同时要确保符合法律法规规定。以下是详细说明：

1. 明确主体关系条款

   • 在招标文件开头部分，清晰阐述总公司与子公司的法律关系，例如“本项目接受具有特定资质的总公司参与投标，该总公司与其旗下具备相应履约能力的子公司存在控股或全资关系，子公司可在总公司中标后签订并履行合同”。这样能让投标人清楚知晓这种特殊的投标与签约模式是被允许的，避免后续产生歧义。
   • 详细说明总公司与子公司在本项目中的各自角色和责任范围。比如，总公司主要负责投标文件的编制、投标保证金的缴纳以及整体项目的协调管理等工作；子公司则负责按照合同约定具体实施项目内容，包括但不限于提供货物、服务或完成工程建设等，并对所承担的工作成果负责。

2. 设置授权条款

   • 要求总公司在投标文件中提供明确的授权文件，授权子公司签订合同并履行合同义务。授权文件应包含授权范围、授权期限等关键信息。例如，“总公司在此授权[子公司名称]在中标本项目后，以子公司自身名义与招标人签订合同，并负责全面履行合同项下的各项义务，授权期限自合同签订之日起至合同履行完毕之日止”。
   • 明确授权的不可撤销性（在合理范围内），以保障合同的稳定性和可执行性。可以在授权条款中规定“除非因不可抗力或子公司严重违约等法定或约定事由，总公司不得随意撤销本授权，否则应承担由此给招标人造成的全部损失”。

3. 明确合同签订与履行主体条款

   • 在招标文件中规定，中标通知书发出后，由子公司作为合同签订主体与招标人签订合同。合同内容应与招标文件、投标文件等保持一致，且子公司应严格按照合同约定履行义务。例如，“中标人（总公司）应在收到中标通知书后[X]个工作日内，安排其授权的子公司与招标人签订书面合同，合同条款不得实质性变更招标文件和中标人的投标文件内容。子公司应按照合同约定的时间、质量标准等要求完成项目实施”。
   • 强调子公司在合同履行过程中的独立责任。即子公司应以其自身资产对合同履行承担责任，总公司不承担子公司的合同履行责任，但总公司应监督子公司按照合同约定履行义务。如“子公司作为合同履行主体，应独立承担合同项下的权利和义务，对其在履行合同过程中的违约行为承担全部责任。总公司有义务监督子公司按照合同约定履行各项义务，如因总公司监督不力导致子公司违约的，总公司应承担连带责任（此连带责任条款可根据实际情况谨慎设置）”。

4. 设置风险防控条款

   • 考虑到总公司与子公司是不同的法律主体，为防止出现责任推诿等情况，在招标文件中设置风险防控条款。例如，要求总公司和子公司共同向招标人提供履约担保，担保方式可以是银行保函、担保公司担保等，担保金额根据项目规模和风险程度确定。这样可以在一定程度上保障招标人的权益，当子公司出现违约情况时，招标人可以通过履约担保获得相应的赔偿。
   • 规定在项目实施过程中，如出现总公司或子公司发生重大变更（如股权结构变更、破产等）可能影响项目正常进行的情况，应及时通知招标人，并提供相应的解决方案。例如，“若总公司或子公司在项目实施期间发生任何可能影响合同履行的重大变更事项，应在变更发生之日起[X]个工作日内书面通知招标人，并提交详细的应对方案。经招标人审核同意后，方可继续实施项目，否则招标人有权解除合同并追究违约责任”。

5. 符合法律法规规定

   • 整个条款设置必须严格遵守相关法律法规，如《招标投标法》《民法典》等。例如，在设置授权条款时，要确保授权行为符合法律规定，不存在违法违规的情形；在规定合同签订与履行主体时，要符合合同相对性原则等法律规定。如果违反法律法规规定，可能导致招标文件条款无效，甚至引发法律纠纷。

在设置这些条款时，建议招标人充分咨询法律专业人士的意见，以确保条款的合法性、合理性和可操作性。如果你在招标文件设置过程中还有其他疑问，可以直接向我咨询。