结论前置：当公司要辞退员工而员工不愿离开时，公司应首先确保辞退行为的合法性，然后通过沟通协商、书面通知、办理离职手续等步骤妥善处理。若员工采取过激行为或拒绝配合，公司应保持冷静并依法应对，包括寻求法律援助和保留相关证据。
一、确认辞退的合法性
合法辞退情形：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，公司在员工存在严重违反规章制度、不能胜任工作且经过培训或调岗后仍不能胜任、被依法追究刑事责任等情形下，可以依法解除劳动合同。
- 辞退前，公司需确保有充分证据支持辞退决定，且相关规章制度需经民主程序制定并已公示。
违法辞退后果：
- 若公司无法定理由辞退员工，将构成违法解除，需按经济补偿标准的二倍支付赔偿金。
- 因此，公司在辞退员工前，务必审查辞退的合法性，以避免不必要的法律纠纷。
二、与员工沟通协商
正式面谈：
- 选择适当的时间和地点，与员工进行面对面沟通，明确告知辞退原因、依据及时间。
- 倾听员工意见，了解其不愿离开的具体原因，尝试寻找双方都能接受的解决方案。
协商解决方案：
- 除法定经济补偿外，公司可考虑提供额外帮助，如推荐信、职业咨询等，以减轻员工的抵触情绪。
- 若员工对辞退决定有异议，可引导其通过合法途径表达诉求，如申请劳动仲裁。
三、出具书面通知与办理离职手续
书面通知：
- 若沟通协商无法达成一致，公司应向员工出具书面辞退通知，详细说明辞退原因、依据、生效日期及应办理的离职手续。
- 通知应明确告知员工对辞退决定有异议时的合法救济途径，如申请仲裁或提起诉讼。
送达方式：
- 采用直接送达、邮寄送达或公告送达等方式，并确保员工签收或留存送达凭证。
- 若员工拒绝签收，可通过EMS等方式送达，并保留寄送凭证作为后续法律程序的证据。
办理离职手续：
- 要求员工按规定办理工作交接，结算劳动报酬和经济补偿。
- 出具离职证明，明确员工离职原因及离职时间，以便员工后续求职使用。
四、应对员工可能的过激行为
保持冷静：
- 面对员工的情绪激动或过激行为，公司应保持冷静，避免冲突升级。
- 可安排专人进行沟通安抚，了解员工具体诉求，并尝试寻找解决方案。
明确法律后果：
- 向员工说明继续滞留可能面临的法律后果，如被视为非法侵入或违反劳动合同条款。
- 强调公司有权采取必要措施维护自身权益，包括报警处理。
寻求外部帮助：
- 若员工行为严重影响公司秩序，公司可联系劳动监察部门或公安部门寻求帮助。
- 劳动监察部门可对公司劳动用工行为进行监督，公安部门可依法处理违法行为。
五、法律应对与证据保留
法律应对：
- 若员工申请劳动仲裁或提起诉讼，公司应积极应对，准备相关证据材料证明辞退决定的合法性。
- 必要时，可寻求专业律师的协助，以确保公司行为的合法性并降低法律风险。
保持记录和证据：
- 在整个过程中，公司应详细记录与员工的沟通情况、提供的补偿方案、员工的反应等。
- 这些记录将作为后续法律程序的关键证据，有助于公司维护自身权益。
总结与建议：处理辞退员工但员工不愿意离开的情况时，公司应确保辞退的合法性，通过正式沟通协商寻求解决方案，并在必要时依法出具书面通知及办理离职手续。同时，公司应保持冷静应对员工的过激行为，依法维护自身权益，并全程保留相关证据以备不时之需。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。