结论前置：在一审被告是公司但已注销的情况下，二审的处理方式主要取决于公司注销时的清算情况以及股东的责任承担。以下是几种可能的情况及相应的法律建议。

1. 公司已依法清算并注销

   • 情况说明：如果公司在注销前已经依法进行了清算，且清算程序合法合规，那么公司的债权债务关系在清算过程中已经得到了处理。此时，如果一审判决是在公司注销前作出的，且公司未在注销前对判决提出上诉，那么二审将不再涉及该公司，因为其已不具备诉讼主体资格。但如果一审判决是在公司注销后作出的（这种情况较为罕见，因为通常注销前会处理完所有诉讼），或者公司注销前未对一审判决提出上诉，而二审是在注销后启动的（这通常意味着一审判决存在程序或实体上的问题，需要二审纠正），那么二审将面临主体不适格的问题，可能需要通过其他途径（如申请再审或针对清算责任人提起诉讼）来维护权益。不过，在实务中，更常见的是公司注销前已处理完一审诉讼，二审时公司已不存在。
   • 法律建议：若公司已依法清算并注销，且一审判决未涉及公司注销后的新事实或法律关系，那么二审通常不会直接涉及该公司。若认为一审判决有误，且公司注销前未提出上诉，可考虑针对清算责任人（如清算组成员、股东等）提起诉讼，要求其承担因清算不当而给债权人造成的损失。

2. 公司未依法清算即注销

   • 情况说明：如果公司未依法进行清算即注销，那么根据《公司法》及相关司法解释的规定，公司的股东、董事、控股股东、实际控制人等可能需要对公司的债务承担清偿责任。在一审被告是公司且公司已注销的情况下，如果二审中发现公司未依法清算，那么可以将上述责任主体追加为二审被告或通知其参加诉讼。
   • 法律建议：
     • 追加被告：在二审过程中，如果发现公司未依法清算，可以向法院申请追加公司的股东、董事等责任主体为被告，要求他们承担公司的债务。
     • 收集证据：收集公司未依法清算的证据，如清算报告、股东会决议、注销登记材料等，以证明公司注销过程中存在违法行为。
     • 主张权利：在二审中明确主张由未依法清算的责任主体承担公司的债务，并要求法院对此进行审理和判决。

3. 公司注销后发现新证据或新事实

   • 情况说明：如果在一审判决后、二审开庭前或二审过程中，发现与公司注销相关的新证据或新事实（如公司注销时存在隐瞒债务、虚假清算等行为），这些新证据或新事实可能对二审的判决结果产生影响。
   • 法律建议：
     • 及时提交：将新证据或新事实及时提交给二审法院，并说明其对案件的影响。
     • 申请再审或另行起诉：如果二审判决已经作出，但发现新证据或新事实足以推翻原判决，可以考虑申请再审或针对相关责任主体另行提起诉讼。

额外提醒：在处理此类案件时，务必注意诉讼时效的问题。根据《民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。因此，在发现公司注销后存在未清偿债务或清算不当等情况时，应及时采取法律措施，以免超过诉讼时效而丧失胜诉权。

总结：一审被告是公司但已注销的情况下，二审的处理方式需根据公司的清算情况、股东的责任承担以及新证据或新事实的出现等因素来综合判断。如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。