结论：甲方将商铺使用权转让给乙方后，若甲方欲出售商铺所有权给丙方，在大多数情况下需要通知乙方，但具体是否需要通知及通知的后果，取决于使用权转让协议中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

一、基于使用权转让协议的约定

1. 协议有明确约定：

   • 如果甲方与乙方签订的使用权转让协议中明确规定了甲方在出售商铺所有权时需要通知乙方，或者规定了乙方在甲方出售商铺时有优先购买权等条款，那么甲方在出售商铺前必须按照协议约定通知乙方，并可能需遵循乙方行使相关权利的程序。

2. 协议无明确约定：

   • 如果使用权转让协议中没有明确规定甲方出售商铺时需要通知乙方的条款，那么从合同自由原则出发，甲方可能没有法律上的直接义务通知乙方。但考虑到商铺使用权的转让可能涉及乙方的重大利益，从公平和诚信原则出发，甲方在出售前通知乙方可能是一种更为合理和负责任的做法。

二、基于相关法律法规的规定

1. 物权法相关规定（虽《物权法》已废止，但相关原则在《民法典》中得以延续）：

   • 根据《民法典》中关于物权变动的规定，商铺所有权的变动（如出售）应当遵循物权公示原则，即通过登记等方式进行公示。虽然这一原则主要关注的是物权变动的对外效力，但也可能间接影响到商铺使用权人的利益。如果商铺使用权的转让已经进行了登记或公示，那么甲方在出售商铺时可能需要考虑这一因素，并可能因此需要通知乙方。

2. 合同法相关规定：

   • 根据《民法典》合同编的规定，合同双方应当遵循诚实信用原则，履行通知、协助等附随义务。如果甲方出售商铺的行为可能影响到乙方对商铺的使用权，那么甲方可能需要根据诚实信用原则通知乙方，以便乙方采取相应的措施保护自己的利益。

三、实际操作中的建议

1. 审查使用权转让协议：

   • 甲方在出售商铺前，应首先审查与乙方签订的使用权转让协议，明确协议中是否有关于出售时需要通知乙方的条款。

2. 考虑乙方的利益：

   • 即使协议中没有明确规定，甲方也应从公平和诚信原则出发，考虑乙方的利益，并在出售前通知乙方。这有助于维护双方的良好关系，并可能避免未来的法律纠纷。

3. 咨询专业律师：

   • 如果甲方对是否需要通知乙方存在疑问，或者担心出售商铺可能引发的法律纠纷，建议咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见，帮助甲方制定合理的出售方案。

进一步思考：在实际操作中，商铺使用权的转让和所有权的出售可能涉及复杂的法律关系和利益平衡。因此，甲方在做出出售决定前，应充分考虑各种因素，包括但不限于使用权转让协议的约定、相关法律法规的规定以及乙方的利益等。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。