申请仲裁股权转让协议纠纷时，授权代理人处理股份转让合同纠纷并不违规。以下从多个角度为你详细分析：

一、法律程序角度

在仲裁程序中，当事人有权委托代理人代为进行仲裁活动。这是仲裁程序中的一项基本权利，旨在保障当事人的合法权益，确保仲裁程序的顺利进行。因此，当你因股权转让协议纠纷申请仲裁时，授权代理人来处理与股份转让合同相关的纠纷，是完全符合法律规定的。

二、代理权限角度

代理人的权限来源于当事人的授权。在授权委托书中，你可以明确代理人的代理权限，包括但不限于代为提交仲裁申请、代为参加仲裁庭审、代为进行和解或调解等。只要代理人的行为在你的授权范围内，且不违反法律法规的强制性规定，那么代理人的行为就是有效的，不会对你产生不利影响。

三、纠纷类型角度

股权转让协议纠纷和股份转让合同纠纷，在本质上可能涉及相似的法律问题和争议焦点。因此，授权同一个代理人来处理这两种纠纷，不仅不会违规，反而可能更有利于代理人全面了解案情，制定更有效的仲裁策略。当然，如果两种纠纷在性质上存在显著差异，或者你希望针对不同纠纷采取不同的策略，那么你也可以分别授权不同的代理人来处理。

四、实际操作建议

1. 明确授权范围：在授权委托书中，务必明确代理人的代理权限和代理期限，避免出现模糊不清或超出授权范围的情况。
2. 选择专业代理人：由于股权转让和股份转让涉及复杂的法律问题和商业交易，建议你选择具有相关经验和专业知识的代理人来处理。
3. 保持沟通：在仲裁过程中，与代理人保持密切沟通，及时了解案件进展和仲裁结果，以便做出相应的决策。

如果你在申请仲裁股权转让协议纠纷或授权代理人处理股份转让合同纠纷过程中遇到任何问题，或者需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律服务。