若法院已就代持股权转让作出仲裁（裁决），处理方式需根据裁决结果及执行情况分情况讨论，具体如下：

1. 若裁决支持代持股权转让的合法性，且被执行人配合履行
   此时可直接依据裁决书办理股权过户手续。根据《公司法》及《民法典》合同编规定，股权代持协议若未违反效力性强制性规定（如损害公共利益、规避监管等），法院通常会认定其有效。转让方（实际出资人）可持裁决书、代持协议、工商登记材料等，要求目标公司配合变更股东名册及工商登记，完成股权权属转移。

2. 若裁决支持转让但被执行人拒不配合
   可向法院申请强制执行。根据《民事诉讼法》第243条，法院有权向有关单位查询被执行人的财产情况，并可根据不同情形扣押、冻结、划拨、变价被执行人的财产。对于股权，法院可向目标公司发出协助执行通知书，要求其直接将股权变更至实际出资人名下；若目标公司拒不配合，法院可对其采取罚款、拘留等强制措施，甚至追究直接责任人员的刑事责任（如拒不执行判决、裁定罪）。

3. 若裁决认定代持协议无效或转让行为违法
   此时需根据无效后果处理。若因代持行为损害国家、集体或第三人利益（如规避外资准入限制、逃避税收等），法院可能收缴股权或判决返还财产；若仅因合同瑕疵（如未书面约定、未履行告知义务等）导致无效，实际出资人可主张返还出资及合理收益（如股权增值部分），但需举证证明其实际出资及收益计算依据。

4. 若涉及其他股东优先购买权争议
   根据《公司法》第71条，股东向股东以外的人转让股权时，其他股东享有优先购买权。若代持股权转让未履行该程序，其他股东可主张转让无效。此时需区分两种情形：

   • 若实际出资人拟显名化（即成为工商登记股东），需经其他股东半数以上同意；
     
   • 若实际出资人拟将股权转让给第三方，需提前通知其他股东并征求同意，否则其他股东可主张优先购买权，导致转让受阻。

实务建议：

• 提前固定证据：包括代持协议、出资凭证、目标公司股东会决议、其他股东知情证明等，以证明代持关系及转让合法性；
  
• 协商优先：在诉讼前可尝试与名义股东、目标公司及其他股东协商，争取通过补充协议、股东会决议等方式完善转让程序；
  
• 关注时效：若对裁决不服，需在法定期限内申请再审或撤销仲裁裁决，逾期将丧失救济权利。
  

如有具体案件细节（如代持原因、转让对象、目标公司性质等），可进一步向我说明，以便提供更精准的方案。