结论：串通投标员工收取的好处费是否属于公司违法所得，需根据具体情况判断，一般而言，若好处费直接进入公司账户或用于公司经营，则可能被认定为违法所得；若好处费被员工个人非法占有，则属于员工个人违法所得，但公司仍可能因管理失职或共同犯罪承担法律责任。以下从不同角度详细分析：
一、好处费进入公司账户或用于公司经营
法律定性：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》第五十三条：“投标人相互串通投标或者与招标人串通投标的，投标人以向招标人或者评标委员会成员行贿的手段谋取中标的，中标无效，处中标项目金额千分之五以上千分之十以下的罚款，对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员处单位罚款数额百分之五以上百分之十以下的罚款；有违法所得的，并处没收违法所得；情节严重的，取消其一年至二年内参加依法必须进行招标的项目的投标资格并予以公告，直至由工商行政管理机关吊销营业执照；构成犯罪的，依法追究刑事责任。给他人造成损失的，依法承担赔偿责任。”
- 若员工收取的好处费直接进入公司账户，或虽未直接进入公司账户但用于公司经营，如支付项目成本、员工工资等，则这部分好处费在法律上可能被视为公司的违法所得。
法律后果：
- 公司将面临行政处罚，包括罚款、没收违法所得、取消投标资格等。
- 若情节严重，公司还可能面临吊销营业执照等更严厉的处罚。
- 公司相关责任人员也可能面临个人罚款、行政拘留甚至刑事责任。
二、好处费被员工个人非法占有
法律定性：
- 若员工收取的好处费未进入公司账户，而是被员工个人非法占有，则这部分好处费在法律上属于员工个人的违法所得。
- 员工可能构成非国家工作人员受贿罪或受贿罪（若员工具有国家工作人员身份），依法应追究刑事责任。
公司责任：
- 虽然好处费被员工个人非法占有，但公司仍可能因管理失职或共同犯罪而承担法律责任。
- 若公司明知员工串通投标并收取好处费而未制止或参与其中，则公司可能构成共同犯罪，与员工共同承担刑事责任。
- 即使公司未直接参与，若因管理失职导致员工串通投标并收取好处费，公司也可能面临行政处罚或民事赔偿。
三、建议与风险提示
公司层面：
- 加强内部管理，建立健全招投标管理制度，明确禁止串通投标行为。
- 加强对员工的法律培训，提高员工的法律意识和合规意识。
- 定期对招投标活动进行审计和监督，及时发现并纠正违规行为。
员工层面：
- 严格遵守法律法规和公司规章制度，不得参与串通投标或收取好处费。
- 如发现公司或同事存在串通投标行为，应及时向公司或相关部门举报。
- 如已收取好处费，应主动退还并配合公司或相关部门的调查处理。
总结：串通投标员工收取的好处费是否属于公司违法所得，需根据具体情况判断。公司应加强内部管理，员工应严格遵守法律法规，共同维护招投标市场的公平竞争秩序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。