在收到工程退款函并直接退款后，建议还是写一份回复函，这主要是出于法律上的确认和沟通上的明确性考虑。以下从几个角度详细分析：

1. 法律确认与证据保留：

   • 回复函可以作为你已收到退款函并已按照要求退款的法律确认。在未来的可能争议中，这份回复函可以作为你已履行相关义务的证据。
   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方应当遵循诚信原则，按照约定全面履行自己的义务。回复函可以视为你对这一义务履行的书面确认。

2. 沟通明确性与避免误解：

   • 发送回复函可以确保双方对退款事宜有明确的沟通记录，避免因为信息传递不畅或理解差异而产生的误解。
   • 在商业活动中，清晰的沟通是减少纠纷的关键。回复函可以明确表达你已收到退款函、已退款，并可能包括对退款金额、退款方式等细节的确认，从而确保双方对退款事宜有一致的理解。

3. 维护商业关系与信誉：

   • 发送回复函也体现了你对商业关系的尊重和重视，有助于维护与对方的良好关系。
   • 在商业活动中，信誉和口碑是非常重要的。通过及时、专业的回复，你可以展示自己的诚信和专业素养，从而在未来的合作中赢得对方的信任和尊重。

4. 实际操作建议：

   • 回复函的内容可以包括：确认收到退款函、确认已按照退款函的要求进行退款、确认退款金额和退款方式、表达对对方的理解和感谢（如果适用）、以及如有任何疑问或需要进一步沟通，请随时联系等。
   • 回复函的格式应正式、专业，包括你的公司名称、地址、联系方式等基本信息，以及对方的相应信息。在结尾处，可以附上你的签名或公司盖章，以增加回复函的正式性和权威性。

综上所述，虽然直接退款后不写回复函在法律上可能并不构成违约或违法行为，但出于法律确认、沟通明确性、维护商业关系和信誉等方面的考虑，建议还是写一份回复函。这样不仅可以确保双方对退款事宜有明确的记录和理解，还可以展示你的诚信和专业素养。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。