合作单位的催款函应当回复。以下是详细分析：

一. 回复催款函的必要性

1. 商业礼仪与合作关系：回复催款函是商业礼仪的一部分，有助于维护良好的合作关系。即使目前无法立即付款，也应通过回复表明对催款函的重视和对合作的尊重。
2. 避免法律纠纷：及时回复催款函可以明确双方对款项的认知，减少因沟通不畅而产生的误解和纠纷。如果确实存在付款问题，通过回复可以协商解决方案，避免事态升级至法律诉讼。
3. 财务记录与审计：回复催款函可以作为财务记录和审计的依据，证明双方对款项的沟通和确认，有助于企业内部的财务管理和合规审计。

二. 回复催款函的内容要点

1. 确认收到催款函：首先，应明确确认已收到对方的催款函，并表达对合作单位催款行为的理解。
2. 说明付款情况：接下来，应详细说明目前的付款情况，包括已付款项、未付款项的原因及预计付款时间等。如果确实存在困难，应诚恳地说明并寻求对方的理解和支持。
3. 提出解决方案：如果可能，可以提出解决付款问题的方案，如分期付款、延期付款等，并征求对方的意见。

三. 回复催款函的注意事项

1. 及时回复：收到催款函后，应尽快回复，以体现对合作单位的尊重和重视。
2. 保持沟通：如果回复后对方仍有疑虑或不满，应继续与对方沟通，寻求双方都能接受的解决方案。
3. 留存记录：回复催款函后，应妥善保存相关记录，以备后续查询或作为法律证据使用。

我建议，在回复催款函时，应保持诚恳、专业的态度，既表达了对合作单位的尊重，也展示了解决问题的诚意。如有进一步需要，您可以继续咨询我。