执法部门对违章建筑进行选择性处理是不合法的，这种行为违背了法律面前人人平等的原则。以下是对这一问题的详细分析：

一、选择性执法的定义与不合法性

选择性执法，指的是行政执法主体在执法过程中，未按照法律规定的标准和程序公平、公正地对待所有行政相对人，而是有选择地对部分行政相对人进行执法。在违建拆除的语境下，这可能表现为同样是没有审批的建筑物，有的被认定成违法建筑并拆除，而有的却未被认定；或者违法行为长时间存在而未得到处理，但在特定时间节点（如创城、征收等）突然进行大规模拆除。这种行为破坏了法律面前人人平等的原则，损害了政府的公信力，并可能引发法律纠纷和行政责任。

二、选择性执法的法律后果

1. 违反宪法原则：根据《中华人民共和国宪法》第三十三条第二款的规定，“中华人民共和国公民在法律面前一律平等”。选择性执法显然违背了这一宪法原则，因此是不合法的。

2. 可能构成滥用职权：如果行政机关为不正当目的（如配合其他单位规避法定土地征收、补偿程序，或与被拆除建筑物的所有人进行利益交换）而选择性地执法，那么这种行为就可能构成滥用职权。滥用职权不仅侵害公民合法权益，还破坏社会秩序和法治环境，严重者将依法追究刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》第三百九十七条的规定，国家机关工作人员滥用职权或者玩忽职守，致使公共财产、国家和人民利益遭受重大损失的，将依法追究刑事责任。

三、面对选择性执法的应对策略

1. 收集证据：当遭遇选择性执法时，及时、全面地收集证据是维权的关键。证据应包括但不限于违建现状的详细记录（照片、录像等），特别是与其他未拆除违建的对比情况；执法过程的录音、录像，确保记录下执法人员、时间、地点及具体执法行为；以及相关文件、通知或决定书等书面材料。

2. 向相关部门反映与申诉：

   • 本级政府投诉：以书面形式向违建所在地的人民政府提出申诉，附上详细证据，要求调查核实并给出处理结果。
   • 上级主管部门反映：向城市管理综合执法局的上级部门（如上级城管部门或住建部门）反映问题，请求监督和纠正不当执法。
   • 监察机关举报：依据《中华人民共和国监察法》，向当地监察委员会举报执法人员的选择性执法行为，监察机关有权进行调查处理。

3. 申请行政复议与提起行政诉讼：

   • 行政复议：若认为政府的拆违建执法行为侵犯了自身合法权益，且存在明显的选择性执法情况，可在知道该具体行政行为之日起六十日内，向作出该执法行为的上一级行政机关或同级人民政府申请行政复议。
   • 行政诉讼：若行政复议未能解决问题或对复议结果不满意，可向有管辖权的人民法院提起行政诉讼。在诉讼中，需充分展示证据，证明政府的选择性执法行为及其对自身造成的损害，要求法院对执法行为的合法性进行审查并作出公正判决。

四、建议

• 对于怀疑存在选择性执法的情况，当事人应及时收集相关证据，以便在维权过程中提供有力支持。
• 行政机关应加强对执法人员的培训和监督，确保执法行为的合法性和正当性，维护法治秩序和公民权益。

综上所述，执法部门对违章建筑进行选择性处理是不合法的，当事人可以通过收集证据、向相关部门反映与申诉、申请行政复议与提起行政诉讼等途径来维护自身权益。如果您在房产领域遇到任何法律问题，包括但不限于违章建筑的处理、房屋产权纠纷等，都可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议。