共享用工合作协议中的员工是否属于正式职工，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、共享用工合作协议的本质
共享用工，通常指的是企业之间因生产经营需要，通过协商一致，将部分员工在一定期限内借用到其他企业工作的一种用工模式。这种模式下的员工，其劳动关系可能仍然保留在原企业（即输出企业），也可能根据双方协议及实际情况，与借用企业（即输入企业）形成新的劳动关系或劳务关系。
二、员工身份判断的关键因素
劳动合同签订情况：
- 如果员工与输出企业签订了劳动合同，且在共享用工期间，该劳动合同未解除或终止，那么员工在法律上仍属于输出企业的正式职工。
- 如果员工与输出企业解除了劳动合同，并与输入企业签订了新的劳动合同，那么员工在法律上则成为输入企业的正式职工。
工资支付与社保缴纳：
- 工资支付和社保缴纳情况也是判断员工身份的重要依据。如果工资由输出企业支付，社保也由输出企业缴纳，那么员工更可能被视为输出企业的正式职工。
- 反之，如果工资和社保均由输入企业支付和缴纳，那么员工则更可能被视为输入企业的正式职工。
实际工作管理与指挥：
- 员工在实际工作中的管理与指挥关系也是判断其身份的重要因素。如果员工在共享用工期间，仍受输出企业的管理和指挥，那么其身份可能更倾向于输出企业的正式职工。
- 如果员工在共享用工期间，受输入企业的管理和指挥，那么其身份则可能更倾向于输入企业的正式职工或劳务人员。
三、法律后果与风险提示
对于输出企业：
- 如果员工在共享用工期间仍属于输出企业的正式职工，那么输出企业需继续承担用人单位的法定义务，如支付工资、缴纳社保、提供劳动保护等。
- 如果输出企业未履行这些义务，可能面临劳动争议、行政处罚等法律风险。
对于输入企业：
- 如果员工在共享用工期间成为输入企业的正式职工或劳务人员，那么输入企业需承担相应的用人单位或用工单位义务。
- 输入企业需确保员工的劳动条件、劳动保护等符合法律法规要求，否则也可能面临法律风险。
对于员工：
- 员工在共享用工期间，应明确自己的身份和权益，与输出企业和输入企业签订明确的协议，确保自己的合法权益得到保障。
- 如果员工对自身的身份和权益存在疑问，应及时咨询专业律师或劳动部门，以维护自己的合法权益。