公司能否向内部承包人主张垫付款，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若内部承包合同明确约定了垫付款的承担主体及返还条件
   根据《民法典》第465条，依法成立的合同对当事人具有法律约束力。若合同中明确约定“承包人因经营需要垫付的款项，公司应在XX条件下返还”，则公司可依据合同主张权利。例如：

   • 承包人垫付了原材料采购款，合同约定“公司应在收到货物后30日内支付垫付款”；
     
   • 承包人垫付了员工工资，合同约定“公司应在项目结算后按比例返还”。
     关键点：合同条款需具体、明确，避免使用“酌情”“合理”等模糊表述，否则可能因约定不明导致争议。

2. 若内部承包合同未约定垫付款，但公司实际接受了承包人的垫付行为
   根据《民法典》第510条，合同生效后，当事人就质量、价款等未约定或约定不明的，可协议补充；不能达成补充协议的，按合同相关条款或交易习惯确定。若公司实际接受了承包人的垫付（如签字确认垫付明细、使用垫付款项完成经营任务），可能构成“事实合同关系”，公司需返还垫付款。
   例外情形：若承包人垫付的款项超出其经营权限（如擅自购买非必要设备），或公司明确拒绝接受垫付（如书面声明“不承担任何垫付责任”），则公司可能无需返还。

3. 若内部承包关系被认定为“劳动关系”或“内部责任制”
   根据《劳动合同法》及相关司法解释，若内部承包人实际与公司存在劳动关系（如签订劳动合同、接受公司管理、领取固定工资），则其垫付行为可能被认定为“职务行为”。此时：

   • 垫付款项若用于公司经营（如采购办公用品），公司需返还；
     
   • 若垫付款项用于承包人个人用途（如私人消费），则公司无需返还，且承包人可能涉嫌挪用资金（需结合具体情节判断）。
     关键点：需区分“内部承包”与“劳动关系”，可通过承包协议内容、实际管理方式（如是否自主招聘员工、是否自负盈亏）综合判断。

建议行动：

• 公司应审查内部承包合同的条款，明确垫付款的承担主体、返还条件及违约责任；
  
• 若发生争议，收集垫付款的凭证（如转账记录、发票、签字确认单）、承包协议、经营数据等证据；
  
• 根据具体情形选择协商、调解或诉讼途径解决，必要时可委托律师介入。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您详细分析。