在涉嫌诈骗案件中，已退还的大部分金额在起诉时通常会被考虑在内，但具体是否会从指控金额中扣除，需结合案件具体情况和司法实践来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

1. 法律原则与量刑考量：

   • 根据我国刑法及相关司法解释，诈骗罪的定罪量刑主要依据诈骗所得的金额。然而，在量刑时，法院会综合考虑犯罪情节、社会危害程度以及被告人的认罪态度、退赔情况等因素。
   • 退还诈骗所得，尤其是主动退还大部分或全部金额，通常被视为被告人认罪态度好、有悔罪表现的重要表现，这有助于减轻其刑事责任。在量刑时，法院可能会据此对被告人从轻或减轻处罚，但这并不意味着已退还的金额会直接从指控金额中扣除。

2. 司法实践中的处理方式：

   • 在司法实践中，对于已退还的诈骗金额，法院在判决时可能会作为量刑情节予以考虑，但通常不会直接从指控的诈骗金额中扣除。这是因为诈骗金额是犯罪行为的直接结果，而退还行为是犯罪后的补救措施，两者在法律性质上有所不同。
   • 不过，如果被告人能够证明其退还的金额确实超出了其实际诈骗所得，或者存在其他特殊情况（如部分诈骗金额因被害人原因未能实际取得等），法院在判决时可能会根据具体情况进行适当调整。

3. 具体案例与司法解释：

   • 虽然具体的司法解释可能并未明确规定已退还金额是否从指控金额中扣除，但相关司法实践和案例表明，法院在判决时会综合考虑各种因素，包括退还情况，来作出公正合理的判决。
   • 例如，在某些案例中，被告人因诈骗被起诉，但在案件审理过程中主动退还了大部分诈骗所得，法院在判决时可能会据此对其从轻处罚，但并未将已退还的金额从指控金额中扣除。

4. 建议与注意事项：

   • 如果你或你身边的人涉嫌诈骗并已退还大部分金额，建议积极配合司法机关的调查和审理工作，如实陈述事实，提供相关证据，以争取从轻或减轻处罚。
   • 同时，也可以考虑咨询专业律师，了解具体的法律程序和可能的法律后果，以便更好地维护自己的合法权益。

总结来说，已退还的大部分诈骗金额在起诉时通常会被法院考虑在内，作为量刑情节之一，但并不意味着会直接从指控金额中扣除。法院在判决时会综合考虑各种因素来作出公正合理的判决。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。