认罚不认罪的情况下，是否会有案底，主要取决于案件的具体处理结果，尤其是法院的最终判决或检察机关的决定。以下是对此问题的详细分析：
若案件最终被检察机关作出不起诉决定：
- 法定不起诉：根据《刑事诉讼法》的相关规定，若案件存在情节显著轻微、危害不大等情形，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件、不起诉。在这种情况下，由于法律层面不认为构成犯罪或不应追究刑事责任，因此不会留下案底。
- 酌定不起诉：对于犯罪情节轻微，不需要判处刑罚或免除刑罚的，人民检察院可作出不起诉决定。这种不起诉通常不会留下传统意义上的犯罪案底，但公安机关的侦查卷宗仍会存档保存，可能在特定情况下被查阅。
- 证据不足不起诉：若二次补充侦查后仍证据不足，人民检察院应作出不起诉决定。由于现有证据无法充分证明犯罪嫌疑人实施了犯罪行为，按照疑罪从无的原则，不能认定有罪，因此不会产生案底。
若案件进入审判阶段并被法院判决有罪：
- 无论犯罪嫌疑人或被告人是否认罪认罚，一旦法院作出有罪判决，该判决将记录在个人档案中，形成“案底”。认罚不认罪的行为本身，并不影响法院对犯罪事实的认定和判决结果。因此，在这种情况下，会留下案底。
关于“认罚不认罪”的特殊情况：
- “认罚不认罪”指的是犯罪嫌疑人或被告人愿意接受处罚，但不承认自己构成犯罪。这种行为在刑事司法中并不罕见，但其法律后果仍取决于案件的具体处理结果。如果检察机关或法院认为犯罪嫌疑人的行为构成犯罪，并作出相应的处理决定，那么即使犯罪嫌疑人认罚不认罪，也可能留下案底。
法律建议与后续行动：
- 对于犯罪嫌疑人或被告人：在面对刑事指控时，应充分了解自己的权利和义务，并在专业律师的指导下做出明智的选择。如果认为自己的行为不构成犯罪，可以坚持不认罪并寻求法律援助；如果愿意接受处罚并希望获得从宽处理，可以考虑认罪认罚，但需明确这并不意味着一定不会留下案底。
- 对于公众：应增强法律意识，遵守法律法规，避免涉及违法犯罪行为。如果担心自己可能留下案底或面临法律纠纷，可以及时咨询专业律师以获取法律建议和帮助。
总结来说，认罚不认罪是否会有案底，取决于案件的具体处理结果。如果检察机关作出不起诉决定，通常不会留下案底；如果法院判决有罪，则会留下案底。因此，在面对刑事指控时，应谨慎对待并寻求专业法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。