若您对法院调解后的证据有所质疑，首先需要明确的是，调解协议一旦达成并经法院确认，即具有法律效力，原则上应当履行。但如果您认为调解所依据的证据存在重大问题，影响了调解结果的公正性，您可以考虑以下几种途径来维护自己的合法权益：
申请再审或申诉：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，如果调解违反自愿原则或者调解协议的内容违反法律，当事人可以申请再审。虽然直接针对证据质疑的再审申请可能较为少见，但如果证据问题直接导致了调解结果的不公正，这可以作为申请再审的一个理由。
- 操作建议：您需要准备充分的证据材料，证明原调解所依据的证据存在重大瑕疵或错误，且这种瑕疵或错误直接影响了调解结果的公正性。然后，向作出调解书的法院或者其上一级法院申请再审。
提出执行异议：
- 适用场景：如果调解书已经进入执行阶段，而您认为执行所依据的调解书存在错误，特别是与证据问题相关，您可以提出执行异议。
- 操作建议：在执行过程中，如果您发现调解书所依据的证据有问题，或者执行行为违反了法律规定，您可以向执行法院提出书面异议。法院将依法审查并作出裁定。
寻求和解或另行起诉（在特定情况下）：
- 和解：如果双方当事人都愿意，可以在调解后再次进行协商，尝试达成新的和解协议。
- 另行起诉：在某些特定情况下，如果调解协议的内容涉及到了新的法律关系或事实，且这些内容在原调解中未得到妥善处理，您可能需要考虑另行起诉来维护自己的权益。但这种情况较为复杂，需要具体分析。
在采取上述任何行动之前，我建议您先做以下几件事：
- 仔细审查调解协议和证据：确保您对调解协议的内容和所依据的证据有全面的了解，明确质疑的具体点和依据。
- 咨询专业律师：虽然我在这里为您提供了一些基本的法律建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在采取任何法律行动之前，最好咨询一位专业律师，以便获得更具体、更个性化的法律建议。
- 准备充分的证据材料：无论您选择哪种途径来维护自己的权益，都需要准备充分的证据材料来支持您的主张。
最后，我想强调的是，法律程序是复杂且严谨的。在采取任何法律行动之前，请务必确保您已经充分了解了相关的法律规定和程序要求，并在必要时寻求专业律师的帮助。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。