若在打官司质证结束后对证据仍有异议，可通过以下途径处理：

1. 及时向法庭提出书面异议
   在质证程序结束后，若发现证据存在合法性、真实性或关联性瑕疵（如证据来源违法、内容不真实、与案件无关等），应在法庭指定的期限内提交书面异议申请。申请中需明确指出异议的证据名称、具体瑕疵及法律依据（如《民事诉讼法》第66条关于证据合法性的规定），并附相关证据或线索支持异议主张。

2. 申请法庭重新调查或补充质证
   若异议涉及关键证据（如鉴定意见、证人证言等），可依据《民事诉讼法》第70条申请法庭通知相关人员出庭说明，或要求对证据进行补充质证。例如，若发现鉴定机构资质存疑，可申请法庭委托其他机构重新鉴定；若证人未出庭接受质询，可要求法庭传唤证人到庭。

3. 在辩论阶段强化异议主张
   质证程序结束后，案件进入法庭辩论阶段。此时可通过发表辩论意见，结合质证阶段提出的异议，进一步论证证据的瑕疵对案件事实认定及法律适用的影响。例如，若对方提交的合同文本存在篡改痕迹，可在辩论中强调该证据的真实性存疑，进而主张合同无效或条款不成立。

4. 通过上诉或再审程序救济
   若一审判决已作出，且异议证据直接影响判决结果，可在上诉期内（15日）向上一级法院提起上诉，并在上诉状中详细阐述证据异议及一审法院未采纳异议的错误。若判决已生效，发现新证据或原证据存在重大瑕疵（如伪造、变造），可依据《民事诉讼法》第207条申请再审。

注意事项：

• 异议提出需及时，逾期可能被视为放弃权利；
  
• 异议主张需有具体事实和法律依据，避免空泛质疑；
  
• 保留异议证据的原件或复制件，以备后续程序使用。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件中的证据异议处理策略。