若公司倒闭清算结束后发现有员工利用职位贪污，公司可以采取以下措施：

1. 刑事追责：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，员工利用职务上的便利，侵占、挪用公司财物，数额较大的，构成职务侵占罪或挪用资金罪。公司有权向公安机关报案，要求追究相关员工的刑事责任。
   • 操作建议：公司应收集相关证据，如财务记录、交易凭证、员工职务证明等，以证明员工的贪污行为。随后，向当地公安机关经济犯罪侦查部门报案，并配合调查工作。

2. 民事追偿：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，员工因故意或重大过失给公司造成损失的，公司有权要求其承担赔偿责任。
   • 操作建议：公司可以通过民事诉讼途径，向法院提起诉讼，要求贪污员工赔偿公司因贪污行为所遭受的损失。在诉讼过程中，公司需要提供充分的证据证明员工的贪污行为以及损失的具体数额。

3. 内部处理与制度完善：

   • 内部处理：对于涉及贪污的员工，公司可以根据内部规章制度进行相应的处理，如解除劳动合同、追回非法所得等。
   • 制度完善：公司应借此机会审视并完善内部管理制度，特别是财务和审计制度，以防止类似事件的再次发生。例如，可以加强财务审批流程、实施定期的内部审计、提高员工职业道德培训等。

4. 清算程序中的特殊考虑：

   • 若在清算过程中发现贪污：根据《中华人民共和国企业破产法》的相关规定，清算组在清算过程中发现债务人有可撤销行为或无效行为的，有权向人民法院申请撤销或宣告无效，并追回相关财产。虽然您提到的是清算结束后发现，但若清算程序尚未完全终结，或存在未了结的清算事务，清算组仍可依法采取相应措施。
   • 清算结束后的处理：若清算程序已完全终结，公司作为独立法人主体（若未注销），仍可依法追究贪污员工的法律责任。若公司已注销，则可能需要由股东或其他相关主体依法承继权利，继续追究责任。

在处理此类事件时，公司需要注意以下几点：

• 及时性：一旦发现贪污行为，应尽快采取行动，以免证据灭失或时效过期。
• 证据收集：充分收集并保存相关证据，以支持后续的刑事追责或民事追偿。
• 法律程序：遵循法律程序，确保每一步都合法合规，避免因程序瑕疵而影响追责效果。
• 专业咨询：在处理过程中，建议咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。

若公司在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律意见。