若员工死亡后发现其存在贪污行为，处理方式需结合贪污主体身份、贪污金额及法律程序综合判断，具体如下：

1. 若员工属于国家工作人员（如公务员、国企管理人员等）

   • 刑事追责层面：根据《刑法》第382条、第383条，贪污罪的主体包括国家工作人员，即使行为人死亡，刑事诉讼程序会终止，但已查实的贪污违法所得仍需追缴。司法机关会通过调查其财产来源、银行流水等证据，固定贪污事实及金额，并依法没收违法所得，上缴国库。
     
   • 单位内部处理层面：若员工所在单位为国企、事业单位等，单位需根据内部规章制度（如《员工违纪处理办法》）对其生前职务行为进行审查，若涉及违规发放奖金、侵占单位财物等，可追回相关财物，并对相关责任人（如直接上级、财务人员）进行问责。
     

2. 若员工属于非国家工作人员（如私企员工）

   • 刑事追责层面：根据《刑法》第271条，非国家工作人员利用职务便利侵占单位财物的，构成职务侵占罪。但若行为人死亡，刑事诉讼程序同样终止，单位可通过民事诉讼追偿损失。单位需提供劳动合同、财务凭证、转账记录等证据，证明员工存在侵占行为，并要求其继承人（如有）在继承遗产范围内返还财物。
     
   • 单位内部处理层面：私企可依据《劳动合同法》及内部规章制度，解除与该员工的劳动关系（若生前未解除），并追回其侵占的财物。若员工无遗产或继承人放弃继承，单位可能面临部分损失无法追回的风险。
     

3. 关键程序与证据固定

   • 调查阶段：单位或司法机关需通过审计、调取监控、询问证人等方式，固定贪污/侵占的证据链（如虚假报销单据、私自转账记录等）。
     
   • 财产追缴：若员工有遗产，需通过法院执行程序，查封、冻结其名下财产（如房产、存款、车辆等），并优先返还被侵占的财物；若无遗产，单位可能需自行承担损失。
     
   • 合规建议：单位应完善内部财务制度（如双人核对、审批流程留痕），定期审计，并要求员工签署《廉洁承诺书》，降低贪污风险。
     

总结：员工死亡后发现贪污，刑事责任无法追究，但单位可通过民事途径追偿损失，关键在于固定证据、启动法律程序。若您是涉事单位或家属，可进一步提供员工身份、贪污金额、证据情况等信息，我将为您细化处理方案。