若检查出有场所存放非法出版物，处理方式需结合具体情况，核心结论如下：

1. 行政处罚层面
   根据《出版管理条例》第六十二条，未经批准擅自从事出版物出版、发行等活动的，由出版行政主管部门责令停止违法行为，没收出版物、违法所得和从事违法活动的专用工具、设备，违法经营额1万元以上的，并处违法经营额5倍以上10倍以下的罚款；违法经营额不足1万元的，可以处5万元以下的罚款。若场所存放的非法出版物数量较大或情节严重，还可能面临查封场所、扣押设备等强制措施。

2. 刑事责任层面
   若存放的非法出版物涉及淫秽、暴力、恐怖等违法内容，或数量达到刑事立案标准（如《刑法》第三百六十三条规定的“制作、复制、出版、贩卖、传播淫秽物品牟利罪”），则可能构成犯罪。此时，公安机关会立案侦查，追究场所负责人或直接责任人的刑事责任，可能面临有期徒刑、拘役或罚金等处罚。

3. 场所责任与连带责任
   若场所为租赁性质，出租方若明知承租方从事非法出版物存放活动而未报告，可能承担连带责任；若场所为自有，则场所所有权人需直接承担法律责任。此外，若场所内工作人员参与非法出版物的存放、运输等环节，也可能被追究共犯责任。

建议行动：

• 立即停止存放行为，封存现场，避免证据灭失；
  
• 主动向当地出版行政主管部门或公安机关报告，配合调查；
  
• 委托律师介入，评估法律风险，制定应对方案。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供详细法律意见。