对于超过宅基地证修建的房屋，一般不可以通过法院起诉直接进行分割。以下是对这一结论的详细解释：

1. 法律性质与规定：

   • 宅基地是农村集体所有的土地，用于农村居民住宅建设。宅基地的使用权通常与农村集体经济组织成员资格相关联。
   • 超过宅基地证修建的房屋，即未经批准或超出批准范围建设的房屋，可能构成违法建筑。

2. 法院处理原则：

   • 法院在处理房产分割等民事纠纷时，会首先审查房产的合法性。
   • 对于违法建筑，法院一般不会直接进行分割，而是可能先要求当事人进行整改或拆除，以恢复土地的合法使用状态。

3. 分割的可行性：

   • 在房屋合法的前提下，法院才会根据当事人的请求和法律规定，对房屋进行分割。
   • 如果房屋被认定为违法建筑，那么分割的请求将无法得到法院的支持。

4. 建议与后续行动：

   • 如果你面临这样的情况，建议首先咨询当地的土地管理部门或城乡规划部门，了解房屋的合法性及可能的整改措施。
   • 如果房屋确实存在违法建设的问题，应尽快采取措施进行整改，以避免可能的法律风险和损失。
   • 在整改完成后，如果仍有分割房产的需求，可以再通过法律途径进行解决。

综上所述，超过宅基地证修建的房屋由于可能构成违法建筑，一般不可以通过法院起诉直接进行分割。在处理此类问题时，应首先关注房屋的合法性，并据此采取相应的法律措施。