公司将劳动能力鉴定列为规章制度，其合法性需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
合法情形
规章制度内容合法且程序正当：
- 若公司制定的规章制度中，关于劳动能力鉴定的规定符合国家法律法规的要求，如鉴定程序、鉴定标准等均与国家规定保持一致，且该规章制度的制定过程遵循了民主程序（如经过职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定），并进行了公示或告知劳动者，则该规定是合法的。
- 例如，公司规定在员工发生工伤后，按照国家规定的程序和标准进行劳动能力鉴定，以确定员工的伤残等级和相应的工伤保险待遇，这样的规定是合法且合理的。
为了保障员工权益和公司管理需要：
- 公司制定劳动能力鉴定相关的规章制度，可能是为了更准确地评估员工的劳动能力，从而合理安排工作岗位、调整薪酬待遇或提供必要的职业康复服务。这样的规定在保障员工权益的同时，也有助于公司的管理和运营。
- 例如，公司规定对于因工伤导致劳动能力下降的员工，将根据劳动能力鉴定结果调整其工作岗位或提供相应的职业培训，以帮助员工更好地适应工作。
不合法情形
规章制度内容违法或侵犯员工权益：
- 若公司制定的规章制度中，关于劳动能力鉴定的规定违反了国家法律法规的强制性规定，如擅自提高鉴定标准、缩短鉴定周期或剥夺员工申请重新鉴定的权利等，则该规定是违法的。
- 例如，公司规定员工必须接受公司指定的鉴定机构进行劳动能力鉴定，且鉴定费用由员工自行承担，这样的规定可能侵犯了员工的合法权益。
规章制度制定程序不合法：
- 若公司制定的规章制度未经民主程序讨论或协商，或者未进行公示或告知劳动者，则该规章制度对劳动者不具有约束力。即使其中包含劳动能力鉴定的规定，也可能因程序不合法而被视为无效。
- 例如，公司未经职工代表大会讨论，擅自制定了一项关于劳动能力鉴定的规章制度，并要求员工遵守，这样的规定在程序上是不合法的。
法律建议
- 对于公司：在制定涉及劳动能力鉴定的规章制度时，应确保内容合法、程序正当，并充分考虑员工的合法权益。同时，应加强对规章制度的宣传和培训，确保员工了解并遵守相关规定。
- 对于员工：若认为公司制定的规章制度中关于劳动能力鉴定的规定违法或侵犯了自己的权益，可以向公司提出异议或向劳动监察部门投诉。必要时，可以寻求法律援助或提起劳动争议仲裁。
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