实习生做不满6个月，用人单位一般不可以扣违约金，但存在特定情形除外。以下是对此问题的详细分析：
一、一般原则：实习生做不满约定期限，用人单位不得扣违约金
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同中除专项培训服务期和竞业限制条款外，不得约定由劳动者承担违约金。实习生与用人单位之间虽未签订正式的劳动合同，但实习关系同样受到劳动法律法规的保护。在实习关系中，除非双方有特别约定，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，否则用人单位不得随意要求实习生支付违约金。
具体来说：
- 无特别约定时：如果实习生与用人单位之间没有就实习期限和违约金进行特别约定，那么实习生做不满6个月，用人单位无权要求其支付违约金。
- 有特别约定但违法时：即使双方有特别约定，但如果该约定违反了法律法规的强制性规定（如约定了过高的违约金数额），那么该约定也是无效的，用人单位同样无权要求实习生支付违约金。
二、特定情形：存在专项培训服务期或竞业限制条款时，可能涉及违约金
虽然一般情况下实习生做不满约定期限用人单位不得扣违约金，但存在以下特定情形时，可能涉及违约金问题：
专项培训服务期：
- 如果用人单位为实习生提供了专项培训费用，并与其约定了服务期，那么实习生在服务期内离职的，可能需要按照约定向用人单位支付违约金。但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
竞业限制条款：
- 如果实习生在实习期间接触到了用人单位的商业秘密或敏感信息，并与其签订了竞业限制条款，那么实习生在离职后一定期限内不得从事与用人单位相竞争的业务。如果实习生违反了竞业限制条款，可能需要向用人单位支付违约金。但需要注意的是，竞业限制条款通常适用于正式员工，对于实习生的适用性可能存在争议。
三、建议与注意事项
审查实习协议：
- 实习生在签订实习协议时，应仔细审查协议内容，特别是关于实习期限、违约金等条款。如果发现协议中有违法或不合理的内容，应及时与用人单位协商修改。
保留证据：
- 实习生在实习期间应保留好与用人单位的沟通记录、工作成果等证据，以备不时之需。如果发生纠纷，这些证据将有助于维护自己的合法权益。
寻求法律帮助：
- 如果实习生与用人单位之间就违约金问题发生纠纷，且无法通过协商解决，可以寻求法律帮助。作为专业律师，我可以提供法律咨询和代理服务，帮助实习生维护自己的合法权益。
总结来说，实习生做不满6个月，用人单位一般不可以扣违约金。但存在专项培训服务期或竞业限制条款等特定情形时，可能涉及违约金问题。因此，实习生在签订实习协议时应仔细审查协议内容，并保留好相关证据。如有任何疑问或需要法律帮助，可以直接向我咨询。