结论：农村自建房宗地总面积700平方却只登记300平方，这一行为是否合法，需结合具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 登记面积与实际面积不符的可能原因

   • 测量误差：在土地测量过程中，由于测量工具、方法或人为因素，可能导致测量结果与实际面积存在误差。若误差在合理范围内，且经过相关部门认可，则可能视为合法。但通常这种误差不会如此之大，700平方与300平方的差距显然超出了正常误差范围。
   • 登记错误：在土地登记过程中，可能由于工作人员疏忽或信息录入错误，导致登记面积与实际面积不符。这种情况下，登记行为本身是不合法的，需要更正登记信息。
   • 历史遗留问题：在某些地区，由于历史原因，土地登记可能存在不规范或不完善的情况。例如，过去土地管理不严格，导致部分土地未纳入登记范围，或登记面积与实际面积不一致。这种情况下，需要依据相关法律法规和政策进行妥善处理。
   • 故意隐瞒或虚报：如果土地使用者或相关方故意隐瞒或虚报土地面积，以获取不当利益，则这种行为显然是不合法的，并可能面临法律责任。

2. 法律后果与应对措施

   • 若登记面积小于实际面积：土地使用者有权要求相关部门进行更正登记，以反映真实的土地面积。如果因登记错误导致土地使用者权益受损，还可以依法要求赔偿。
   • 若涉及故意隐瞒或虚报：相关方可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。在严重情况下，还可能构成犯罪，如诈骗罪等，需要承担刑事责任。
   • 应对措施：如果发现土地登记面积与实际面积不符，土地使用者应首先向当地土地管理部门提出异议，并要求进行更正登记。如果土地管理部门不予处理或处理不当，土地使用者可以依法向人民法院提起行政诉讼或民事诉讼，以维护自己的合法权益。

3. 相关法律法规依据

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，土地登记应当准确反映土地的实际状况，包括土地面积、位置、用途等信息。如果登记信息与实际不符，土地管理部门有义务进行更正。
   • 同时，土地使用者也有权要求土地管理部门提供准确的土地登记信息，并依法维护自己的土地权益。

建议：如果你发现自己的农村自建房宗地登记面积与实际面积不符，建议首先收集相关证据，如土地测量报告、土地使用证等，以证明实际土地面积。然后，向当地土地管理部门提出异议，并要求进行更正登记。如果土地管理部门不予处理或处理不当，你可以考虑寻求法律援助或向人民法院提起诉讼。在处理此类问题时，务必保持冷静和理性，依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。